omaat
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OpenMSI Arrayed Analysis Toolkit (OMAAT) es un nuevo paquete de software para analizar muestras definidas espacialmente en imágenes de espectrometría de masas (MSI). Anteriormente, los investigadores revisaban los datos manualmente o confiaban en algoritmos informáticos expertos para realizar análisis a gran escala basados en regiones de interés. Al utilizar una computadora portátil Jupyter, OMAAT se vuelve fácilmente accesible para cualquier persona sin experiencia en programación y simplifica la búsqueda de picos y la integración de picos en muestras espacialmente definidas en conjuntos de datos MSI. En combinación con OpenMSI, se crea una poderosa plataforma para almacenar, compartir y analizar datos MSI definidos espacialmente y promueve el uso de MSI para analizar grandes conjuntos de muestras. Esta nueva capacidad permitirá en gran medida el uso de imágenes de espectrometría de masas de ionización y desorción láser como modalidad para el análisis biomolecular de alto rendimiento.
OMAAT está escrito como un módulo de Python y se prueba de forma primaria utilizando la distribución Anaconda Python. Para reproducir exactamente nuestro entorno de prueba, consulte la distribución y los paquetes aquí y aquí.
Anaconda viene con muchos paquetes de Python útiles para el análisis de datos. Si ya tiene Anaconda, asegúrese de que sus paquetes estén actualizados. OMAAT requiere Jupyter versión 4.1+ y Python versión 2.7+ o 3.2+. Recomendamos utilizar la distribución Anaconda de Python disponible aquí: https://www.continuum.io/downloads.
Además de la instalación básica de Anaconda, deberá instalar el paquete de Python, "futuro". Con anaconda esto se hace usando el administrador de paquetes conda.
conda install future
Los widgets de este cuaderno requieren el paquete widgetsnbextension. Esto se puede instalar a través de:
conda install widgetsnbextension
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension
El código OMAAT se puede obtener desde la línea de comando mediante:
git clone https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools.git
o descargando y descomprimiendo el archivo zip del repositorio aquí: https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools/archive/master.zip
Para iniciar el portátil desde una terminal, cambie al directorio de códigos OMAAT. Y escribe
jupyter notebook
O inicie el portátil utilizando la herramienta gráfica Iniciador de anaconda.
Los paquetes de Python se actualizan constantemente. Comuníquese con nosotros colocando un ticket aquí en github si tiene algún problema al usar o instalar omaat.
Las pruebas se realizan utilizando Travis-CI. Para reproducir un entorno de Python similar a nuestra prueba desde el directorio omaat, use:
>conda create -n omaat_python3 python=3.5 pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
# or
>conda create -n omaat_python2 python=2.7 future pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
>source activate omaat_python3
# or
>source activate omaat_python2
>python setup.py install
>pytest test/test_all.py
*Markus de Raad, Tristan de Rond, Oliver Rübe, Jay D. Keasling, Trent R. Northen y Benjamin P. Bowen, "OpenMSI Arrayed Analysis Toolkit: Análisis de muestras espacialmente definidas mediante imágenes de espectrometría de masas" Anal. Chem., 2017, 89 (11), págs. 5818–5823 DOI: 10.1021/acs.analchem.6b05004
El formato de datos para el almacenamiento de datos MSI se describe en la siguiente publicación:
Oliver Rübel, Annette Greiner, Shreyas Cholia, Katherine Louie, E. Wes Bethel, Trent R. Northen y Benjamin P. Bowen, "OpenMSI: una plataforma web de alto rendimiento para imágenes de espectrometría de masas" Analytical Chemistry 2013 85 (21 ), 10354-10361, DOI: 10.1021/ac402540a. [BibTeX][En línea en ACS]
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