RagTag

Chusma

RagTag es una colección de herramientas de software para desarrollar y mejorar ensamblajes genómicos modernos. Las tareas incluyen:

• Corrección de errores de ensamblaje basada en homología
• Parcheo y andamiaje de ensamblaje basado en homología
• Fusión de andamios

RagTag también proporciona utilidades de línea de comandos para trabajar con formatos de archivos de ensamblaje de genoma comunes.

Empezando

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

Documentos

Consulte la Wiki para obtener documentación detallada.

Dependencias

• Minimap2, Unimap o Nucmer
• Python 3 (con los siguientes paquetes autoinstalados)
  • engordado
  • árbol de intervalos
  • pijama
  • redx

Citación

• A lo largo de, Michael, et al. "El andamiaje de ensamblaje automatizado eleva un nuevo sistema de tomate para la edición del genoma de alto rendimiento". Biología del genoma (2022).
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag reemplaza a RaGOO:

• A lo largo de, Michael, et al. "RaGOO: andamiaje guiado por referencia rápido y preciso de borradores de genomas". Biología del genoma 20.1 (2019): 1-17.
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

Expresiones de gratitud

Muchas de las principales mejoras algorítmicas en relación con la primera versión de RaGOO fueron proporcionadas por Aleksey Zimin, desarrollador principal del ensamblador MaSuRCA. Luca Venturini sugirió e implementó inicialmente muchas mejoras de funciones, como la integración de pysam. La "fusión" de RagTag se inspiró en CAMSA. El desarrollador de CAMSA, Sergey Aganezov, ayudó a revisar el código RagTag relevante. El "parche" RagTag se inspiró en Grafter, una herramienta de andamio escrita por Melanie Kirsche. Melanie brindó orientación para la implementación de RagTag. Michael Schatz ha brindado orientación durante todo el proyecto.