meryl

Meryl

Esto es 'meryl', una reescritura casi total de 'meryl' que apareció tanto en Project kmer como en Celera Assembler.

IMPORTANTE : obtenga el código meryl más reciente de este repositorio. Esto no es compatible con los antiguos meryl dbs creados a partir de canu 1.8 o versiones anteriores. El nuevo Meryl es significativamente más rápido que la versión anterior.

meryl dbs ya no están en formato de archivo .mcdat y .mcidx . Meryl db ahora está diseñado como un DIRECTORIO, que contiene 64 binarios + 64 índices (128 archivos).

Dependencia

• gcc 10.2.0 o superior

Instalación

• Versión de lanzamiento: descargue una versión de lanzamiento estable

 # Ejemplo para Linux-amd64wget https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH

• Consejo experimental (use git 2.25.1 o superior):

 clon de git https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src
make -j 24export PATH=/ruta/a/meryl/*/bin:$PATH

Evaluar ensamblajes con k-mers y más

Ver Merqury.

Citando a Meryl

No queríamos sufrir al mundo con otro papel para contar k-mer, así que metimos meryl en los métodos merqury:

Rhie, A., Walenz, BP, Koren, S. et al. Merqury: evaluación de calidad, integridad y fases sin referencias para ensamblajes de genomas. Genoma Biol 21, 245 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9