seurat wrappers

SeuratWrappers

SeuratWrappers es una colección de métodos y extensiones proporcionados por la comunidad para Seurat, seleccionados por el Laboratorio Satija del NYGC. Estos métodos comprenden funciones que actualmente no se encuentran en Seurat y pueden actualizarse con mucha más frecuencia.

Consulte nuestra guía de contribución para obtener ayuda y pautas para desarrollar y agregar nuevos métodos a SeuratWrappers.

Las viñetas de métodos individuales se pueden encontrar en el directorio docs/ ; recomendamos mirar los archivos de rebajas estándar ( *.md ) cuando los vea en GitHub.

La instalación se puede realizar a través de controles remotos.

 remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )

Listado de métodos

Paquete	Viñeta	Referencia	Fuente
monóculo 3	Calcular trayectorias con Monocle 3 y Seurat	Cao et al, Naturaleza 2019	https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3
scVelo	Estimación de la velocidad del ARN usando Seurat y scVelo	Bergen y otros, bioRxiv 2019	https://scvelo.readthedocs.io
CoGAPS	Ejecutando CoGAPS en objetos Seurat	Stein-O'Brien et al, Sistemas celulares 2019	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html
glmca	Ejecutando GLM-PCA en un objeto Seurat	Townes et al, Biología del genoma 2019	https://github.com/willtownes/glmpca
Conos	Integración de conjuntos de datos usando Conos	Barkas et al, Métodos de la naturaleza 2019	https://github.com/hms-dbmi/conos
LIGRE	Integración de objetos Seurat usando LIGER	Welch y otros, Cell 2019	https://github.com/MacoskoLab/liger
rápidoMNN	Ejecutando fastMNN en objetos Seurat	Biotecnología de la Naturaleza 2018	https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html
Armonía	Integración de conjuntos de datos utilizando Harmony	Korsunsky y otros, bioRxiv 2018	https://github.com/immunogenomics/harmony
ALRA	Imputación de preservación de cero con ALRA	Linderman y otros, bioRxiv 2018	https://github.com/KlugerLab/ALRA
Velocidad	Estimación de la velocidad del ARN usando Seurat	La Manno et al, Naturaleza 2018	https://velocyto.org
esquema	Usando Schex con Seurat	Freytag, paquete R 2019	https://github.com/SaskiaFreytag/schex
alevín	Importar conteos de alevines a Seurat	Srivastava et. al., Biología del genoma 2019	https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools
nebulosa	Visualización de la expresión genética con Nebulosa.	José Alquicira-Hernández y Joseph E. Powell, bajo revisión	https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa
CIPR	Uso de CIPR con datos de PBMC humanas	Ekiz et. al., BMC Bioinformática 2020	https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package
miQC	Ejecutando miQC en objetos Seurat	Hippen et. Otros, bioRxiv 2021	https://github.com/greenelab/miQC
triciclo	Ejecutando estima_cycle_position desde triciclo en Seurat Objects	Zheng et. Otros, bioRxiv 2021	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html