iCount
1.0.0
iCount es un módulo de Python y una interfaz de línea de comandos (CLI) asociada, que proporciona todos los comandos necesarios para procesar datos de iCLIP sobre interacciones proteína-ARN y generar:
archivos FASTQ demultiplexados y recortados por adaptador,
Archivos BAM con lecturas iCLIP asignadas,
sitios entrecruzados proteína-ARN identificados, guardados en archivos BED,
picos compuestos por sitios con enlaces cruzados estadísticamente significativos, guardados en archivos BED,
grupos de sitios importantes con enlaces cruzados, guardados en archivos BED,
agrupación de experimentos replicados individuales,
Generación de mapas de ARN que muestran la distribución posicional de sitios entrecruzados en relación con puntos de referencia genómicos.
análisis de enriquecimiento de kmer,
y otros.
Puede comenzar con el tutorial o profundizar en la documentación.
iCount está desarrollado y respaldado por Tomaž Curk del Laboratorio de Bioinformática de la Facultad de Informática y Ciencias de la Información de la Universidad de Ljubljana y en colaboración con el laboratorio de Jernej Ule.
El desarrollo comenzó a finales de 2008, cuando Tomaž Curk y Gregor Rot escribieron un primer prototipo de iCount. Han pasado muchas cosas desde entonces. Para obtener detalles y reconocimientos completos, consulte la sección cómo citar en la documentación.
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