RCAS

proyecto RCA

Introducción

RCAS es un paquete R/Bioconductor diseñado como una herramienta de generación de informes genérica para el análisis funcional de regiones de interés de todo el transcriptoma detectadas mediante experimentos de alto rendimiento. Dichas regiones transcriptómicas podrían ser, por ejemplo, picos de señal detectados mediante análisis CLIP-Seq para sitios de interacción proteína-ARN, sitios de modificación de ARN (alias epitranscriptoma), ubicaciones de etiquetas CAGE o cualquier otra colección de regiones de consulta en el nivel del transcriptoma. RCAS produce resúmenes de anotaciones detallados y perfiles de cobertura basados ​​en la distribución de las regiones de consulta con respecto a las características de transcripción (exones, intrones, regiones UTR 5'/3', límites exón-intrón, regiones promotoras). Además, RCAS puede realizar análisis de enriquecimiento funcional y descubrimiento de motivos discriminativos. RCAS admite todas las versiones del genoma que están disponibles en BSgenome::available.genomes

instalación:

Instalación desde Bioconductor

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

Instalación de la versión de desarrollo desde Github

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

Instalación a través del canal Bioconda

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

Instalación a través de Guix

guix package -ir r-rcas

uso:

Viñetas del paquete y manual de referencia.

Para obtener instrucciones detalladas sobre cómo utilizar RCAS, consulte:

• viñeta de paquete para análisis de una sola muestra
• viñeta de paquete para análisis de múltiples muestras
• consulte el manual de referencia para obtener más información sobre las funciones detalladas disponibles en RCAS.

Casos de uso de conjuntos de datos ómicos basados ​​en ARN publicados

Caso de uso de análisis de múltiples muestras

• Consulte un informe de ejemplo que compara las regiones máximas descubiertas mediante experimentos de secuenciación CLIP de la proteína de unión a ARN FUS de Nakaya et al, 2013, Synaptic Functional Regulator FMR1 de Ascano et al. 2012, y el factor de iniciación eucariota 4A-III de Sauliere et al, 2012.

Casos de uso de análisis de muestra única

• Informe RCAS para sitios de unión de ARN de PUM2 detectados mediante la técnica PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • entrada: PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19

• Informe RCAS para sitios de unión de ARN QKI detectados mediante la técnica PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • entrada: PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19

• Informe RCAS para sitios de unión a ARN de IGF2BP123 detectados mediante la técnica PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • entrada: PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19

• Informe RCAS para loci diminutos de ARN (ARNti) detectados mediante análisis deepCAGE (Taft et al. 2009)

  • entrada: human_FANTOM4_tiRNAs.bed

• Informe RCAS para sitios de metilación de m ¹ A (Dominissini et al, 2016)

  • entrada: GSE70485_human_peaks.txt.gz

Citación

Para citar RCAS, utilice:

Bora Uyar, Dilmurat Yusuf, Ricardo Wurmus, Nikolaus Rajewsky, Uwe Ohler, Altuna Akalin; RCAS: un sistema de anotación centrado en ARN para regiones de interés de todo el transcriptoma. Ácidos nucleicos Res 2017 gkx120. doi: 10.1093/nar/gkx120

Vea nuestra publicación aquí.

Expresiones de gratitud

RCAS está desarrollado en el grupo de Altuna Akalin (director de la Plataforma Científica de Bioinformática) por Bora Uyar (científico de bioinformática), Dilmurat Yusuf (científico de bioinformática) y Ricardo Wurmus (administrador de sistemas) en el Instituto de Biología de Sistemas Médicos de Berlín (BIMSB) en el Centro Max-Delbrueck de Medicina Molecular (MDC) en Berlín.

RCAS se desarrolla como un servicio de bioinformática como parte del Centro de Bioinformática RNA, que es uno de los ocho centros de la Red Alemana de Infraestructura de Bioinformática (de.NBI).