igv.js
3.0.8
igv.js es un componente de visualización del genoma interactivo e integrable desarrollado por el equipo de Integrative Genomics Viewer (IGV).
James T Robinson, Helga Thorvaldsdottir, Douglass Turner, Jill P Mesirov, igv.js: una implementación de JavaScript integrable del Integrative Genomics Viewer (IGV), Bioinformática, Volumen 39, Número 1, enero de 2023, btac830, https://doi. org/10.1093/bioinformática/btac830
A continuación se muestran ejemplos y una guía de inicio rápido. Consulte la documentación del desarrollador para obtener más documentación.
Alineaciones
Interacciones
Número de copia
Varias regiones
Formato de anotación de mutaciones (MAF)
Opciones de color variantes
Más
igv.js consta de un único archivo javascript sin dependencias externas.
Los archivos prediseñados para secuencias de comandos incluyen sistemas de módulos AMD o CJS (igv.min.js) y un módulo ES6 (igv.esm.min.js) se pueden descargar desde https://cdn.jsdelivr.net/npm/ [email protected]/dist/.
Para importar igv como módulo ES6
importar igv desde "https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js"
O como script include (define el "igv" global)
Alternativamente puedes instalar con npm
npm install igv
y obtenga el archivo apropiado para su sistema de módulos (igv.min.js o igv.esm.min.js) en node_modules/igv/dist.
Para crear un navegador igv.js, proporcione un contenedor div y una configuración inicial que defina el genoma de referencia, las pistas iniciales y otros estados de la función igv.createBrowser(div, config) .
Esta función devuelve una promesa para un objeto igv.Browser que puede usarse para controlar el navegador. Por ejemplo, para abrir un navegador en una única pista de alineación abierta en un lugar específico:
var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
var options =
{
genome: "hg38",
locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
tracks: [
{
"name": "HG00103",
"url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
"format": "cram"
}
]
};
igv.createBrowser(igvDiv, options)
.then(function (browser) {
console.log("Created IGV browser");
})La documentación completa de la API igv.js está disponible en https://igv.org/doc/igvjs/.
Para compilar igv.js y ejecutar los ejemplos se requiere Linux o MacOS. Es probable que otros entornos Unix funcionen, pero no han sido probados.
Los usuarios de Windows pueden utilizar el Subsistema de Windows para Linux.
Para compilar igv.js y ejecutar los ejemplos se requiere node.js.
git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git cd igv.js npm install npm run build
Esto crea una carpeta dist con los siguientes archivos
igv.js: archivo UMDS para script include, módulos AMD o CJS. Una inclusión de script definirá un "igv" global.
igv.min.js - versión minimizada de igv.js
igv.esm.js - módulo ES6
igv.esm.min.js - versión minimizada de igv.esm.js
Para ejecutar las pruebas desde la línea de comando
npm run test
Para ejecutar los ejemplos, instale http-server.
Inicie el servidor http desde el directorio raíz del proyecto
servidor http npx
Luego abra http://localhost:8080/examples en un navegador web.
igv.js requiere un navegador web moderno con soporte para Javascript ECMAScript 2015 (ES6).
igv.js tiene licencia del MIT.
