Bienvenido al mundo Genovo. Somos el equipo Shenzhen_BGIC_0101_2013. Vaya a la página del proyecto para verlo mejor. :)
El módulo Neochr ayudaría a los usuarios a capturar manualmente genes relacionados en diferentes vías, reconfigurar la relación de los genes de manera lógica* y reemplazar genes con ortólogos con una puntuación más alta*.
NucleoMod es un módulo para modificar la secuencia CDS de genes generados por el módulo Neochr. Este módulo contiene 5 complementos: diseño CRISPR, borrar sitio de enzima, crear sitio de enzima, optimización de codones, repetir aplastamiento. Todos estos complementos permiten al usuario cambiar u optimizar el gen. Después de la operación NucleoMod, el siguiente paso es SegmMan para diseñar un método sintético de acuerdo con la longitud del cromosoma.
El sintetizador o chip de síntesis puede secuenciar ADN hasta 3 kb con alta precisión, pero el cromosoma no es tan corto. SegmMan puede resolver este problema, divide el cromosoma en fragmentos de 30k, después de analizar los sitios enzimáticos salidos, continúa la segmentación en fragmentos de 10k y 2k. En el nivel 10k y 2k, agregará regiones homólogas del vector y diseñará sitios enzimáticos.
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Nuestro software está totalmente basado en JBrowse, que es la próxima generación de GBrowse. Si ha instalado JBrowse, simplemente extraiga git y utilícelo.
Para instalar JBrowse, consulte la wiki principal de JBrowse en http://gmod.org/wiki/JBrowse.
Para una breve descripción:
(/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)Chrome, Firefox, and IE10 is recommandNecesita cambiar el permiso de Apache editando /etc/apache2/envvars
export APACHE_RUN_USER=`whoami`
export APACHE_RUN_GROUP=`whoami`
Y
sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json
Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin
Copie complementos/, servidor/ a Jbrowse.
NucleoMod depende de Blast+, por lo que si utiliza un sistema basado en Debian:
apt-get install ncbi-blast+
O puede instalar desde:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
Descargue e instale UNAFoldt y Biopython desde:
- UnaFold http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php
git is needed
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./data/
|-NeoChr_5_add # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
|---01.whole2mega # SegmMan plugin data
|---02.globalREmarkup # SegmMan plugin data
|---03.mega2chunk2mini # SegmMan plugin data
|---chip_data # chip design
|---names # prefix for search
|---seq # crc32 encode refsequence name path
|-----d7f
|-------417
|---------f1
|---tracks # track display in browser
|-----gene # track cluster
|-------NeoChr # Genome Name
|-----part
|-------NeoChr
|-----Transcript
|-------NeoChr
./server/
|-bin
|---chip_new # create new chip data
|-----ols-pool-generation-script
|-------output-oligos-and-primers
|---GetPrice # fetch enzyme price
|---segmentation # SegmMod plugin
|-config # plugins config data
|---features
|---geneset
|---globalREmarkup
|---markers
|---Optimize
|-doc # document about plugins
|-lib # library used
|-pathway # pathway data used
|-REST # end-side REST implement
|-------chip
|-------features
|-------modify
|-------Segmentation
|-------stats
|---config
|-rewire
base_url = server/REST/index.php
# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end
POST base_url/features/delete
# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)
# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav
# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&
# add loxp, centremele, ARS and so on
POST /modify/Add
# SegmMod plugin
POST /Segmentation/globalREmarkup
/Segmentation/mega2chunk2mini
/Segmentation/whole2mega
GET /Segmentation/info
# Nucleo plugin
POST /NucleoMod
# chip plugin
POST /chip/chip
GET /stats/config
# for get downloadable data information
GET /data/info
Además, nuestra implementación del lado del servidor es flexible. El usuario puede configurar los datos del lado del servidor para el uso de energía.
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##Medalla de bronce
Nota: Nuestro software gigante tiene como objetivo operar Biobrick a nivel de dispositivo basado en fragmentos de ADN sintetizados. Pero para el nivel de bioladrillo, el segundo módulo también puede ayudar a los usuarios a diseñar genes, como la eliminación de EcorI, XbaI, SpeI, PstI, Not I en el CDS, la optimización de codones y la repetición de aplastamiento.
Como nuestro proyecto es tan grande y extensible, al menos 5 ideas no se pueden realizar debido a limitaciones de tiempo.
Para el tercer módulo SegmMan, tenemos un método de síntesis y diseño complementario, síntesis de chip OLS (enlace), de modo que Genovo sea compatible tanto para el sintetizador como para el chip.
tutorial textual
Contamos con el equipo de software Shenzhen_BGIC_ATCG para utilizar el segundo módulo para diseñar sus genes.
El proyecto SC2.0 también prueba el módulo SegmMan en la segmentación de chrVII.
2 .A Resuma y detalle cómo su software afecta las prácticas humanas en biología sintética.
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Innovación:
Anuncio publicitario:
Intentamos vender camisetas de nuestro equipo a gente de BGI.
2 .B Utilice SBOL en la documentación de su software.
Usamos SBOL como uno de los resultados del primer módulo para describir los genes en la nueva ruta creada.
Diseño de Piezas o Dispositivos de BioBrick:
Construcción de Piezas o Dispositivos de BioBrick:
