straw

Straw: transmite datos rápidamente desde archivos .hic

Straw es una biblioteca que permite la transmisión rápida de datos de contacto desde archivos .hic. Este repositorio contiene código fuente para las versiones C++, R, Python y MATLAB de Straw.

• Para la versión de Java, consulte: https://github.com/aidenlab/java-straw/
• Para la versión de Javascript, consulte: https://github.com/igvteam/hic-straw/

Hay dos versiones de Python: una versión pura de Python y otra que encapsula el código C++ con pybind11. La versión anterior ha quedado obsoleta en favor del uso de la versión pybind11, que es mucho más rápida.

• Para fines de archivo, la versión pura de Python se ha movido a: https://github.com/aidenlab/pystraw

Puede encontrar un ejemplo de cuaderno Jupyter sobre el uso de paja aquí: https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

Instalar paja para Python

Utilice pip install hic-straw . Si desea compilar a partir del código fuente, debe tener instalado pybind11. Clona la biblioteca y cd en el directorio straw/ . Luego pip install ./pybind11_python .

Compilar paja para C++

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

Debes tener cURL instalado. Consulte la wiki para obtener más documentación.

Si tiene preguntas, utilice el Grupo de Google.

El trabajo de desarrollo en curso está a cargo de Muhammad S. Shamim. Los colaboradores anteriores incluyen a Neva C. Durand y muchos otros.

Si utiliza esta herramienta en su trabajo, cite

Neva C. Durand, James T. Robinson, Muhammad S. Shamim, Ido Machol, Jill P. Mesirov, Eric S. Lander y Erez Lieberman Aiden. "Juicebox proporciona un sistema de visualización de mapas de contactos Hi-C con zoom ilimitado". Sistemas celulares 3(1), 2016.