biopitón
1.0.0
El Proyecto Biopython es una asociación internacional de desarrolladores de herramientas Python disponibles gratuitamente para biología molecular computacional.
Este archivo README está destinado principalmente a personas interesadas en trabajar con el código fuente de Biopython, ya sea una de las versiones del sitio web http://biopython.org o de nuestro repositorio en GitHub https://github.com/biopython/biopython.
Nuestra documentación centrada en el usuario, el tutorial y libro de cocina de Biopython, y la documentación de API, se generan desde nuestro repositorio utilizando Sphinx.
El archivo NEWS resume los cambios en cada versión de Biopython, junto con el archivo DEPRECADO que señala las fallas de la API.
El paquete Biopython es un software de código abierto disponible en condiciones generosas. Consulte el archivo de LICENCIA para obtener más detalles.
Si utiliza Biopython en un trabajo que contribuye a una publicación científica, le pedimos que cite nuestra nota de aplicación (a continuación) o una de las publicaciones específicas del módulo (enumeradas en nuestro sitio web):
Cock, PJA y cols. Biopython: herramientas Python disponibles gratuitamente para biología molecular computacional y bioinformática. Bioinformática 1 de junio de 2009; 25(11) 1422-3 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878
Python incluye el sistema de administración de paquetes "pip" que debería permitirle instalar Biopython (y su dependencia NumPy si es necesario), actualizarlo o desinstalarlo con un solo comando de terminal:
pip instalar biopython instalación de pip --actualizar biopython pip desinstalar biopython
Desde Biopython 1.70, hemos proporcionado paquetes de ruedas binarias precompiladas en PyPI para Linux, macOS y Windows. Esto significa que la instalación de pip debería ser rápida y no requerir un compilador.
Como desarrollador o colaborador potencial, es posible que desee descargar, compilar e instalar Biopython usted mismo. Esto se describe a continuación.
Actualmente recomendamos usar Python 3.11 desde http://www.python.org
Actualmente, Biopython es compatible y probado en las siguientes implementaciones de Python:
Biopython requiere NumPy (consulte http://www.numpy.org), que se instalará automáticamente si instala Biopython con pip (consulte a continuación para compilar Biopython usted mismo).
Dependiendo de qué partes de Biopython planee usar, existen otras dependencias opcionales de Python, que se pueden instalar más adelante si es necesario:
Bio.Graphics , por lo que si no necesita esta funcionalidad, no necesitará instalar este paquete.Bio.Phylo usa este paquete para trazar árboles filogenéticos.Bio.Phylo .Bio.Phylo .BioSQL utiliza estos paquetes para acceder a una base de datos PostgreSQL.BioSQL utiliza este paquete para acceder a una base de datos MySQL y también es compatible con PyPy.BioSQL la utiliza para acceder a una base de datos MySQL. Está soportado por PyPy.Además, hay una serie de herramientas útiles de terceros que quizás desee instalar, como NCBI BLAST, EMBOSS o ClustalW independientes.
Recomendamos utilizar las ruedas binarias precompiladas disponibles en PyPI usando:
pip instalar biopython
Sin embargo, si necesita compilar Biopython usted mismo, se requiere lo siguiente en el momento de la compilación:
Python, incluidos los archivos de encabezado de desarrollo como python.h , que en Linux a menudo no se instalan de forma predeterminada (intente buscar e instalar un paquete llamado python-dev o python-devel así como el paquete python ).
Compilador de C apropiado para su versión de Python, por ejemplo GCC en Linux, MSVC en Windows. Para Mac OS X, o como se llama ahora, macOS, use las herramientas de línea de comandos de Apple, que se pueden instalar con el comando de terminal:
xcode-select --instalar
Esto le ofrecerá instalar la suite de desarrollo XCode de Apple; puede hacerlo, pero no es necesario y requiere mucho espacio en el disco.
Luego descargue y descomprima nuestro código fuente, o consígalo usando git. Ahora cambie el directorio a la carpeta del código fuente de Biopython y ejecute:
instalación de pip -e. prueba de configuración de Python.py instalación de sudo python setup.py
Sustituya python por su versión específica si es necesario, por ejemplo python3 o pypy3 .
Para excluir pruebas que requieren una conexión a Internet (y que pueden tardar mucho tiempo), utilice la opción --offline :
prueba python setup.py --sin conexión
Si necesita realizar una configuración adicional, por ejemplo, cambiar el prefijo del directorio de instalación, escriba python setup.py .
Biopython incluye un conjunto de pruebas de regresión para comprobar si todo funciona correctamente. Para ejecutar las pruebas, vaya al directorio del código fuente de biopython y escriba:
instalación de pip -e. prueba de configuración de Python.py
Si desea omitir las pruebas en línea (lo cual se recomienda al realizar pruebas repetidas), use:
prueba python setup.py --sin conexión
No entre en pánico si ve mensajes que advierten sobre pruebas omitidas:
test_DocSQL... omitiendo. Instale MySQLdb si desea utilizar Bio.DocSQL.
Lo más probable es que esto signifique que no hay un paquete instalado. Puede ignorar esto si ocurre en las pruebas de un módulo que no planeaba usar. Si desea utilizar ese módulo, instale la dependencia requerida y vuelva a ejecutar las pruebas.
Algunas de las pruebas pueden fallar debido a problemas de red; esto suele deberse a la casualidad o a una interrupción del servicio. Si el problema no desaparece al volver a ejecutar las pruebas, puede utilizar la opción --offline .
Hay más información sobre pruebas en el Tutorial y libro de cocina de Biopython.
Biopython 1.61 introdujo una nueva advertencia, Bio.BiopythonExperimentalWarning , que se utiliza para marcar cualquier código experimental incluido en las versiones estables de Biopython. Dicho código de nivel 'beta' está listo para pruebas más amplias, pero aún es probable que cambie, y solo deben probarlo los primeros usuarios para poder enviar comentarios a través de la lista de correo de biopython-dev.
Es de esperar que dicho código experimental alcance un estado estable en una o dos versiones, momento en el cual se aplicarían nuestras políticas normales sobre tratar de preservar la compatibilidad con versiones anteriores.
Si bien intentamos ofrecer un paquete sólido, inevitablemente aparecen errores. Si tiene problemas que podrían deberse a un error en Biopython, es posible que ya haya sido identificado. Actualice a la última versión si aún no la está utilizando y vuelva a intentarlo. Si el problema persiste, busque en nuestra base de datos de errores y en nuestras listas de correo para ver si ya se ha informado (y, con suerte, se ha solucionado) y, en caso contrario, informe el error. No podemos solucionar problemas que no conocemos ;)
Rastreador de problemas: https://github.com/biopython/biopython/issues
Si sospecha que el problema radica en un analizador, es probable que el formato de los datos haya cambiado y haya roto el código de análisis. (Los formatos de texto BLAST y GenBank parecen ser particularmente frágiles). Por lo tanto, el código de análisis en Biopython a veces se actualiza más rápido de lo que podemos crear versiones de Biopython. Puede obtener el analizador más reciente extrayendo los archivos relevantes (por ejemplo, los de Bio.SeqIO o Bio.Blast ) de nuestro repositorio git. Sin embargo, tenga cuidado al hacer esto, porque el código en github no está tan bien probado como el código publicado y puede contener nuevas dependencias.
En cualquier informe de error, háganoslo saber:
Y también idealmente:
Biopython está dirigido por voluntarios de todo el mundo, con muchos tipos de experiencia. Siempre estamos buscando personas interesadas en ayudar con el desarrollo de código, administración de sitios web, redacción de documentación, administración técnica y cualquier otra cosa que surja.
Si desea contribuir, primero lea CONTRIBUTING.rst aquí, visite nuestro sitio web http://biopython.org y únase a nuestra lista de correo: http://biopython.org/wiki/Mailing_lists
README.rst : este archivo.NEWS.rst : notas de la versión y noticias.LICENSE.rst : qué puedes hacer con el código.CONTRIB.rst : una lista (incompleta) de personas que ayudaron a Biopython de una forma u otra.CONTRIBUTING.rst : una descripción general sobre cómo contribuir a Biopython.DEPRECATED.rst : contiene información sobre los módulos de Biopython que se eliminaron o que ya no se recomiendan para su uso, y cómo actualizar el código que utiliza esos módulos.MANIFEST.in : configura qué archivos incluir en las versiones.setup.py : archivo de instalación.Bio/ -- El código base del código principal.BioSQL/ -- Código para usar Biopython con bases de datos BioSQL.Doc/ --Documentación.Scripts/ -- Scripts independientes varios, posiblemente útiles.Tests/ : código de prueba de regresión que incluye archivos de datos de muestra.
