biochatter
v0.7.9
| Licencia | Pitón | ||
| Paquete | Estado de construcción | ||
| Pruebas | Estibador | ||
| Desarrollo | Contribuciones |
Los modelos de IA generativa han demostrado una enorme utilidad para aumentar la accesibilidad y la automatización de una amplia gama de tareas. Sin embargo, su aplicación al ámbito biomédico sigue siendo limitada, en parte debido a la falta de un marco común para implementar, probar y evaluar los diversos modelos y tecnologías auxiliares que se necesitan. Este repositorio contiene el paquete Python biochatter , una biblioteca backend genérica para la conexión de aplicaciones biomédicas a la IA conversacional.
La biblioteca se describe en esta preimpresión y se utiliza en varias aplicaciones de demostración para mostrar su uso:
una interfaz simple basada en Python llamada BioChatter Light, que desarrollamos en https://github.com/biocypher/biochatter-light;
una interfaz avanzada basada en Next.js llamada BioChatter Next, que desarrollamos en https://github.com/biocypher/biochatter-next;
un servidor API RESTful para uso de la interfaz Next (y cualquier otra aplicación basada en REST) en https://github.com/biocypher/biochatter-server.
BioChatter es parte del ecosistema BioCypher y se conecta de forma nativa a los gráficos de conocimiento de BioCypher. El artículo de BioChatter se está escribiendo aquí.
Para usar el paquete, instálelo desde PyPI, por ejemplo usando pip ( pip install biochatter ) o Poetry ( poetry add biochatter ).
El paquete tiene algunas dependencias opcionales que se pueden instalar usando los siguientes extras (por ejemplo, pip install biochatter[xinference] ):
xinference : soporte para consultar LLM de código abierto a través de Xorbits Inference
podcast : soporte para texto a voz de podcast (para el TTS gratuito de Google; el TTS OpenAI de pago se puede utilizar sin este extra)
streamlit : soporte para funciones de UI streamlit (usadas en BioChatter Light)
Consulte la documentación para ver ejemplos, casos de uso y más información. Muchas funcionalidades comunes cubiertas por BioChatter se pueden ver en uso en el código base de BioChatter Light.
¡Estamos muy contentos con las contribuciones de la comunidad, grandes y pequeñas! Si desea contribuir al desarrollo de BioCypher, consulte nuestras pautas de contribución y los documentos para desarrolladores. :)
Si desea hacer preguntas informales, hablar sobre temas de desarrollo o simplemente charlar, únase a nuestra comunidad en https://biocypher.zulipchat.com.
Descargo de responsabilidad sobre el síndrome del impostor: queremos su ayuda. No, de verdad. Puede haber una vocecita dentro de tu cabeza que te dice que no estás listo, que no tienes la habilidad suficiente para contribuir. Te aseguramos que la vocecita en tu cabeza no está bien. Lo más importante es que existen muchas formas valiosas de contribuir además de escribir código.
Este descargo de responsabilidad fue adaptado del proyecto Pooch.
Consulte este repositorio para obtener más información sobre el uso de modelos de lenguaje grandes en biología computacional.
Si está en Apple Silicon, puede encontrar problemas con la dependencia grpcio (biblioteca grpc , que se usa en pymilvus ). Si es así, intente instalar el binario desde el código fuente después de eliminar el paquete instalado del entorno virtual desde aquí:
pip uninstall grpcio
export GRPC_PYTHON_LDFLAGS= " -framework CoreFoundation "
pip install grpcio==1.53.0 --no-binary :all:
