PubData

PubData

Motor de búsqueda inteligente para todas las bases de datos bioinformáticas del mundo.

Acerca de

PubData es un motor de búsqueda y sistema de recuperación de archivos para todas las bases de datos bioinformáticas del mundo. PubData busca datos FTP biomédicos de una manera fácil de usar, similar a cómo PubMed busca literatura biomédica. PubData está alojado como una aplicación web y un programa de software de interfaz gráfica de usuario (GUI) independiente, mientras que PubMed está alojado como un servidor web en línea. PubData se basa en una novedosa programación de red y algoritmos de procesamiento de lenguaje natural que pueden conectarse a los servidores FTP de cualquier base de datos bioinformática especificada por el usuario, consultar su contenido y recuperar archivos para descargar.

PubData está escrito en el lenguaje de programación Python (específicamente, Django y PyQt4). PubData puede buscar, acceder, ver y recuperar archivos de forma remota desde los árboles de directorios profundamente anidados de cualquier base de datos bioinformática importante a través de una red informática local. Al reunir todas las principales bases de datos bioinformáticas bajo el techo de un programa de software, PubData permite al usuario evitar las molestias innecesarias y las complejidades no estandarizadas inherentes al acceso a las bases de datos una por una utilizando un navegador de Internet. Más importante aún, permite al usuario consultar múltiples bases de datos simultáneamente para palabras clave especificadas por el usuario (p. ej., human , cancer , transcriptome ). Como tal, PubData permite a los investigadores buscar, acceder, ver y descargar archivos desde los servidores FTP de cualquier base de datos bioinformática importante directamente desde una ubicación centralizada. Al utilizar únicamente una GUI o una aplicación web, PubData permite al usuario navegar simultáneamente por múltiples servidores FTP bioinformáticos directamente desde la comodidad de su computadora local.

Cite: "Khomtchouk et al.: 'PubData: motor de búsqueda de bases de datos bioinformáticas en todo el mundo', 2016: http://dx.doi.org/10.1101/069575" dentro de cualquier fuente que utilice métodos inspirados en PubData .

Interfaz de usuario del servidor web PubData

Resultados de búsqueda del servidor web PubData

Instrucciones de instalación del ejecutable binario PubData

Requisitos

• Pitón >= 2.7

Linux:

• Asegúrese de tener Python 2.7 instalado.
• Bibliotecas de Python necesarias: PyQt4, PyQt
• Git clona el directorio PubData .
• Navegue al directorio /interfaz.
• Ejecute "python GUI.py".
• Si le falta una biblioteca de Python, se lo indicará cuando la ejecute.

Capturas de pantalla de la GUI

Cuando abra PubData , primero elija una base de datos bioinformática para iniciar sesión:

Inicie sesión en la base de datos del sistema de clasificación PANTHER (Análisis de proteínas a través de relaciones evolutivas):

Si no ve su base de datos favorita en la lista, puede insertarla usted mismo manualmente (conveniente para bases de datos publicadas recientemente):

Supongamos que desea realizar una "búsqueda en Google" en varias bases de datos simultáneamente:

Búsqueda de palabras clave para archivos ChIP-seq en estas bases de datos seleccionadas (también se pueden usar varias palabras clave):

Mostrando todos los resultados de búsqueda relevantes relacionados con archivos ChIP-seq en todas las bases de datos seleccionadas:

Búsqueda de palabras clave para archivos RNA-seq en estas bases de datos seleccionadas (también se pueden usar varias palabras clave):

Mostrando todos los resultados de búsqueda relevantes relacionados con archivos RNA-seq (de las bases de datos seleccionadas):