lyprox

¿Qué es lyprox ?

Es una aplicación web de Django que muestra los patrones detallados de las metástasis linfáticas en el cáncer de cabeza y cuello y permite explorar los conjuntos de datos subyacentes con mucho detalle. Está alojado en la URL https://lyprox.org.

Motivación

HNSCC se disemina a través del sistema linfático del cuello y forma metástasis en los ganglios linfáticos regionales. Las metástasis macroscópicas se pueden detectar con modalidades de imágenes como resonancia magnética, tomografía por emisión de positrones y tomografía computarizada. En consecuencia, se incluyen en el volumen objetivo cuando se elige la radioterapia como parte del tratamiento. Sin embargo, las metástasis microscópicas son demasiado pequeñas para diagnosticarse con las técnicas de imagen actuales.

Para tener en cuenta esta afectación microscópica, a menudo se irradian partes del sistema linfático de forma electiva para aumentar el control del tumor. Actualmente, las partes que se incluyen en este volumen objetivo clínico electivo se deciden según las pautas ^{1, 2, 3, 4} . Estos, a su vez, se derivan de informes sobre la prevalencia de afectación por nivel de ganglio linfático (LNL), es decir, la porción de pacientes a los que se les diagnosticó metástasis en cualquier LNL determinado, estratificados por ubicación del tumor primario. Se recomienda incluir un LNL en el volumen objetivo electivo si entre el 10 y el 15 % de los pacientes mostraron afectación en ese nivel en particular.

Sin embargo, si bien la prevalencia de la afectación se ha informado en la literatura ^{5, 6} y las vías generales de drenaje linfático se conocen bien, los patrones detallados de progresión del HNSCC siguen estando mal cuantificados. Creemos que el riesgo de afectación microscópica en una LNL depende en gran medida del diagnóstico específico de un paciente en particular y, por lo tanto, su tratamiento puede personalizarse si los patrones de progresión se cuantificaran mejor.

Nuestro objetivo

Con la interfaz, nuestro principal objetivo es hacer que nuestro conjunto de datos extraído sea fácilmente accesible. Al visualizarlo de forma interactiva, uno puede probar o proponer hipótesis muy rápidamente sobre la propagación linfática del HNSCC. Con suerte, esto a su vez motivará a otros investigadores a investigar estas hipótesis, extraer y compartir más datos con un detalle similar.

Esto, a su vez, nos permitiría a nosotros (o a cualquiera, en realidad) construir modelos de progresión tumoral más exactos y precisos. Por ejemplo, como trabajos anteriores sobre el uso de redes bayesianas para predecir la probabilidad personalizada de participación ⁷ o nuestra reciente publicación sobre este tema utilizando modelos ocultos de Markov y, por lo tanto, introduciendo una forma explícita de modelar el tiempo ⁸ .

Conjuntos de datos de patrones de progresión linfática

Los datos que se visualizan en esta interfaz residen en un repositorio de código abierto propio: lyDATA.

También publicamos un artículo sobre el conjunto de datos y la interfaz en Radiotherapy & Oncology ⁹ , con una preimpresión disponible en medRxiv ¹⁰ .

Modelos probabilísticos para la definición personalizada de CTV

También trabajamos en modelos probabilísticos ^{7 8} que pueden predecir la diseminación linfática del cáncer de cabeza y cuello. El código subyacente está alojado en otro repositorio: linfa.

Como contribuir

Hay dos maneras en que puedes contribuir a este proyecto:

1. Si es un investigador clínico en este campo y desea compartir sus datos con nosotros, póngase en contacto con nosotros por correo electrónico: [email protected].
2. La otra forma es contribuyendo a este repositorio, por ejemplo, si eres desarrollador de software. Supongo que esto es algo improbable, debido al alcance muy específico de esta aplicación Django, pero aun así agradecemos cualquier contribución. En este caso, se puede encontrar documentación detallada del código fuente en las páginas de GitHub.

Ejecute esta interfaz localmente

Si desea alojar sus datos usted mismo o probar cómo se ven sus datos en la aplicación web sin comprometerse a cargarlos, no dude en seguir estas instrucciones para ponerlos en funcionamiento en su máquina local.

Notas a pie de página

1. Vincent Grégoire y otros, Selección y delimitación de los volúmenes diana de los ganglios linfáticos en la radioterapia conformada de cabeza y cuello. Propuesta de estandarización de terminología y procedimiento basada en la experiencia quirúrgica , Radioterapia y Oncología , vol. 56, págs. 135-150, 2000, doi: https://doi.org/10.1016/S0167-8140(00)00202-4. ↩

2. Vincent Grégoire, A. Eisbruch, M. Hamoir y P. Levendag, Propuesta para la delimitación del CTV ganglionar en el cuello con ganglios positivos y postoperatorio , Radioterapia y Oncología . vol. 79, núm. 1, págs. 15-20, abril de 2006, doi: https://doi.org/10.1016/j.radonc.2006.03.009. ↩

3. Vincent Grégoire et al., Delineación de los niveles de los ganglios del cuello para tumores de cabeza y cuello: una actualización de 2013. DAHANCA, EORTC, HKNPCSG, NCIC CTG, NCRI, RTOG, directrices de consenso TROG , Radioterapia y Oncología , vol. 110, núm. 1, págs. 172-181, enero de 2014, doi: https://doi.org/10.1016/j.radonc.2013.10.010. ↩

4. Julian Biau et al., Selección de volúmenes objetivo de ganglios linfáticos para radioterapia definitiva de cabeza y cuello: actualización de 2019 , Radioterapia y oncología , vol. 134, págs. 1-9, mayo de 2019, doi: https://doi.org/10.1016/j.radonc.2019.01.018. ↩

5. Jatín. P. Shah, FC Candela y AK Poddar, Los patrones de metástasis en los ganglios linfáticos cervicales del carcinoma escamoso de la cavidad bucal , Cáncer , vol. 66, núm. 1, págs. 109-113, 1990, doi: https://doi.org/10.1002/1097-0142(19900701)66:1%3C109::AID-CNCR2820660120%3E3.0.CO;2-A. ↩

6. Laurence Bauwens et al., Prevalencia y distribución de metástasis en los ganglios linfáticos cervicales en el carcinoma de células escamosas de orofaringe con VPH positivo y VPH negativo , Radioterapia y Oncología , vol. 157, págs. 122-129, abril de 2021, doi: https://doi.org/10.1016/j.radonc.2021.01.028. ↩

7. Bertrand Pouymayou, P. Balermpas, O. Riesterer, M. Guckenberger y J. Unkelbach, Un modelo de red bayesiana de progresión de tumores linfáticos para la definición personalizada de CTV electiva en cánceres de cabeza y cuello , Física en Medicina y Biología , vol. 64, núm. 16, pág. 165003, agosto de 2019, doi: https://doi.org/10.1088/1361-6560/ab2a18. ↩ ↩ ²

8. Roman Ludwig, B. Pouymayou, P. Balermpas y J. Unkelbach, Un modelo oculto de Markov para la progresión de tumores linfáticos en cabeza y cuello , Sci Rep , vol. 11, núm. 1, pág. 12261, diciembre de 2021, doi: https://doi.org/10.1038/s41598-021-91544-1. ↩ ↩ ²

9. Roman Ludwig et al., Informe detallado de cada paciente sobre la afectación de los ganglios linfáticos en el carcinoma de células escamosas de orofaringe con una interfaz en línea , Radioterapia y Oncología , febrero de 2022, doi: https://doi.org/10.1016/j.radonc.2022.01 .035. ↩

10. Roman Ludwig, J.-M. Hoffmann, B. Pouymayou et al., Informes detallados de cada paciente sobre la afectación de los ganglios linfáticos en el carcinoma de células escamosas de orofaringe con una interfaz en línea , medRxiv , diciembre de 2021. doi: https://doi.org/10.1101/2021.12.01.21267001. ↩