baad
veau2002, dictionary
La base de datos de biomasa y alometría (BAAD) contiene datos sobre la construcción de plantas leñosas en todo el mundo. Estos datos se obtuvieron de más de 170 estudios científicos publicados y no publicados, la mayoría de los cuales no estaban previamente disponibles en el dominio público. Esperamos que hacer que estos datos estén disponibles mejore nuestra capacidad para comprender el crecimiento de las plantas, la dinámica de los ecosistemas y el ciclo del carbono en la vegetación leñosa del mundo. El conjunto de datos se describe con más detalle en la publicación.
Falster, DS, RA Duursma, MI Ishihara, DR Barneche, RG FitzJohn, A Vårhammar, M Aiba, M Ando, N Anten, MJ Aspinwall, JL Baltzer, C Baraloto, M Battaglia, JJ Battles, B Bond-Lamberty, M van Breugel, J Camac, Y Claveau, L Coll, M Dannoura, S Delagrange, JC Domec, F Fatemi, W Feng, V Gargaglione, Y Goto, A Hagihara, JS Hall, S Hamilton, D Harja, T Hiura, R Holdaway, LS Hutley, T Ichie, EJ Jokela, A Kantola, JW G Kelly, T Kenzo, D King , BD Kloeppel, T Kohyama, A Komiyama, JP Laclau, CH Lusk, DA Maguire, G le Maire, A Mäkelä, L Markesteijn, J Marshall, K McCulloh, I Miyata, K Mokany, S Mori, RW Myster, M Nagano, SL Naidu, Y Nouvellon, AP O'Grady, KL O'Hara, T Ohtsuka, N Osada, OO Osunkoya, PL Peri , AM Petritan, L Poorter, A Portsmuth, C Potvin, J Ransijn, D Reid, SC Ribeiro, SD Roberts, R Rodríguez, A Saldaña-Acosta, I Santa-Regina, K Sasa, NG Selaya, SC Sillett, F Sterck, K Takagi, T Tange, H Tanouchi, D Tissue, T Umehara, H Utsugi, MA Vadeboncoeur, F Valladares , P Vanninen, JR Wang, E Wenk, R Williams, F de Aquino Ximenes, A Yamaba, T Yamada, T Yamakura, RD Yanai y RA York (2015) BAAD: una base de datos de biomasa y alometría para plantas leñosas. Ecología 96 : 1445-1445. 10.1890/14-1889.1
En el momento de la publicación, el BAAD contenía 258.526 mediciones recopiladas en 175 estudios diferentes, de 20.950 individuos de 674 especies. Los detalles sobre los estudios individuales contribuidos al BAAD están disponibles en estos informes en línea.
Los datos contenidos en BAAD se publican bajo la exención de dominio público Creative Commons Zero y, por lo tanto, pueden reutilizarse sin restricciones. Para reconocer el trabajo realizado en la creación de la base de datos, le solicitamos que cite el artículo anterior o, cuando utilice datos de solo uno o algunos de los estudios individuales, los artículos originales, si lo prefiere.
Hay dos opciones para acceder a los datos dentro de BAAD.
Puede descargar una versión compilada de la base de datos desde:
RLa base de datos contiene los siguientes elementos.
data : conjunto de datos fusionado (tabla), con columnas como se define en dictionarydictionary : una tabla de definiciones de variablesmetadata : una tabla con las columnas "nombre del estudio", "tema", "descripción", que contiene información escrita sobre los métodos utilizados para recopilar los datos.methods : una tabla con columnas como en datos, pero que contiene un código para los métodos utilizados para recopilar los datos. Consulte config/methodsDefinitions.csv para obtener códigos.references : como tabla de resumen y entradas bibtex que contienen la fuente principal de cada estudiocontacts : tabla con información de contacto y afiliaciones para cada estudio. Estos elementos están disponibles en los dos enlaces anteriores como una serie de archivos CSV y de texto. Si está utilizando R , la mejor manera de acceder a los datos es, con diferencia, a través de nuestro paquete baad.data. Después de instalar el paquete (instrucciones aquí), los usuarios pueden ejecutar
baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )para descargar la versión almacenada en Archivos Ecológicos, o
baad.data :: baad_data( " x.y.z " )para descargar una versión anterior o más reciente (donde los números de versión seguirán las pautas de control de versiones semánticas). El paquete baad.data almacena todo en caché para que las llamadas posteriores, incluso entre sesiones, sean muy rápidas. Esto debería facilitar una mayor reproducibilidad al hacer que sea más fácil depender de la versión utilizada para un análisis particular y permitir que diferentes análisis utilicen diferentes versiones de la base de datos.
Más detalles sobre las diferentes versiones y los cambios entre versiones están disponibles en la página de lanzamientos de github y en CHANGELOG.
El BAAD está diseñado para ser una base de datos viva: realizaremos publicaciones periódicas a medida que agreguemos más datos. Estas actualizaciones se corresponderán con cambios en el número de versión de este recurso, y cada versión de la base de datos estará disponible en github y a través del paquete baad.data. Si utiliza este recurso para un análisis publicado, tenga en cuenta el número de versión en su publicación. Esto permitirá que cualquier persona en el futuro pueda regresar y encontrar exactamente la misma versión de los datos que usted utilizó.
El BAAD se puede reconstruir a partir de la fuente (archivos de datos sin procesar) utilizando nuestro flujo de trabajo programado en R. Más allá de la base R, la construcción del BAAD requiere el paquete 'remake'. Para instalar remake, desde R, ejecute:
# installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")
También se requieren otros paquetes ( rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ). Estos se pueden instalar dentro de R usando install.packages o más fácilmente usando remake (instrucciones a continuación).
Luego, la base de datos se puede reconstruir usando remake.
Primero descargue el código y los datos sin procesar, ya sea desde Ecoological Archives o desde github como archivo zip, o clonando el repositorio baad:
git clone [email protected]:dfalster/baad.git
Luego abra R y configure la carpeta descargada como su directorio de trabajo. Entonces,
# ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()
# build the dataset
remake::make("export")
# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')
Se guardó una copia del conjunto de datos en la carpeta export como archivos rds (datos comprimidos para R) y también como archivos csv.
Puede reproducir cualquier versión de BAAD consultando la confirmación correspondiente que se generó o utilizando los enlaces proporcionados en la pestaña de versiones. Por ejemplo, para reproducir la v1.0.0 de la base de datos, correspondiente al artículo en Ecología y al manuscrito enviado a Ecología:
git checkout v1.0.0
Luego en R ejecutar
remake::make("export")
remake::make("manuscript")
Damos la bienvenida a nuevas contribuciones al BAAD.
Si deseas aportar datos, los requisitos son
Consulte estas instrucciones sobre cómo preparar y enviar su contribución.
Una vez que se hayan aportado suficientes datos adicionales, planeamos enviar una actualización del primer artículo de datos, invitando como coautores a cualquiera que haya contribuido desde el primer artículo de datos.
Estamos muy agradecidos a todos los que han aportado datos. También nos gustaría agradecer a las siguientes fuentes de financiación por apoyar la recopilación de datos. DS Falster, A. Vårhammer y DR Barneche trabajaron con una subvención de descubrimiento ARC para Falster (DP110102086) y una subvención inicial de UWS para RA Duursma. RG FitzJohn recibió el apoyo del Fondo de Dotación para la Ciencia y la Industria (RP04-174). MI Ishihara contó con el apoyo del Fondo de Desarrollo de Tecnología e Investigación Ambiental (S-9-3) del Ministerio de Medio Ambiente de Japón.
