siar

SIAR v4.2.4.XXXX

Análisis de isótopos estables en R - paquete

NO UTILICE ESTE PAQUETE SIAR!!!!

• IMPORTANTE: SIAR ya no existe (muerto, desaparecido, terminado).
  • Utilice los paquetes SIBER para el montaje de elipses y cascos convexos.
  • Utilice el paquete MixSIAR para adaptar modelos de mezcla, que ofrece el último conjunto de opciones para incluir covariables lineales y efectos aleatorios jerárquicos, entre otros nuevos desarrollos. También puede utilizar el paquete simmr para instalar versiones simples o ligeras de modelos mixtos.

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. Partición de fuentes utilizando isótopos estables: hacer frente a demasiada variación. MÁS UNO, 5(3), e9672. doi

Versión 4.2.4.XXXXXX

• SIAR ya no existe.
  • Utilice los paquetes SIBER para el montaje de elipses y cascos convexos.
  • Utilice el paquete MixSIAR para adaptar modelos de mezcla, que ofrece el último conjunto de opciones para incluir covariables lineales y efectos aleatorios jerárquicos, entre otros nuevos desarrollos. También puede utilizar el paquete simmr para instalar versiones simples o ligeras de modelos mixtos.

Versión 4.2.4

• agregue el argumento 'color.src' (con 20 colores diferentes configurados como predeterminados) a las funciones 'siarplotdatawrapper' y 'siarplotdata', mientras que el usuario puede configurar los colores de los elementos de origen por sí mismo.
• cambió la salida en la función 'siarhdrs' de c("Baja 95% hdr","Alta 95% hdr","modo","media") a c("Media", "SD", "2.5%", " 5%", "25%", "50%", "75%", "95%", "97,5%") de forma predeterminada.
• agregue el valor de retorno para la función 'siarhdrs'.

Versión 4.2.3 20-febrero-2018

• Se incorporaron errores de 4.2.2.9000.
• Se corrigieron errores en el etiquetado de intervalos creíbles generados por siarproportionbysourceplot y siarproportionbygroupplot .

Revisión de la versión 4.2.2.9000 del 28 de marzo de 2017

• La actualización del paquete spatstat rompió siar. Esto se cambia a spatstat.utils en una revisión en la rama maestra.

La versión 4.2.2 corrige:

• error en la llamada a .C() para el grupo único de datos del consumidor que surge debido a que el marco de datos no se fuerza automáticamente al formato doble. La coerción ahora es as.double(as.matrix(some.data)). Esto soluciona el mensaje error: not a matrix

La versión 4.2.1 corrige:

• error en las rutinas SIBER en distribuciones de Linux al llamar a bayesm:rmultireg a través de siar:bayesMVN que fue detectado por https://github.com/lsaravia
• El argumento principal="mi impresionante gráfico" de siardensityplot() ahora funciona.
• Los anchos de línea en todos los archivos *.Rd ahora están dentro del límite de 90 caracteres para la creación de PDF.
• Se limpiaron algunas instancias de llamadas de quartz() que no se utilizan en ningún caso.

Instalación de SIAR

Puede instalarlo directamente desde GitHub si tiene instalado el paquete devtools. Pero realmente no deberías hacerlo. Este paquete ya no es apoyado ni fomentado, y es sólo

	library( devtools )
	install_github( " andrewljackson/siar@master " , build_vingettes = TRUE )
	library( siar )

Tutoriales, ayuda y asistencia.

Hay una variedad de materiales disponibles para comenzar con SIAR con enlaces a archivos de ejemplo, podcasts de video, tutoriales, etc. disponibles en http://www.tcd.ie/Zoology/research/groups/jackson/projects/siar. php. También hay más archivos y ejemplos en https://github.com/AndrewLJackson/SIAR-examples-and-queries y consolidaré estos diversos archivos en este repositorio de git y/o el sitio web de git adjunto en algún momento en el futuro. Tenga en cuenta también que actualmente estoy trabajando en una actualización importante de SIBER que lo eliminará del paquete SIAR en algún momento https://github.com/AndrewLJackson/SIBER-sandbox.

Expresiones de gratitud

¡Gracias a Natalie Cooper por su ayuda con las instrucciones de instalación de Github y los consejos generales de Git!

Publicaciones

Jackson, AL, Parnell, AC, Inger R. y Bearhop, S. 2011. Comparación de anchos de nichos isotópicos entre y dentro de las comunidades: SIBER – Elipses bayesianas de isótopos estables en R. Journal of Animal Ecology, 80, 595-602. doi

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. Partición de fuentes utilizando isótopos estables: hacer frente a demasiada variación. MÁS UNO, 5(3), e9672. doi