intervene

Intervenir

una herramienta para la intersección y visualización de múltiples conjuntos de genes o regiones genómicas

Documentación

Una documentación detallada está disponible en diferentes formatos: HTML | PDF | ePUB

Instalación

Instalación rápida usando Conda

conda install -c bioconda intervene

Esto instalará todas las dependencias y estará listo para usar Intervene.

Instalar usando pip

Puedes instalar Intervene desde PyPi usando pip.

Instalar desde PyPi:

 instalación de pip intervenir

Nota: Si instala usando pip, asegúrese de instalar los paquetes BEDTools y R que se enumeran a continuación.

Intervenir requiere los siguientes módulos de Python y paquetes de R:

• Python (=> 3.3): https://www.python.org/
• BedTools (última versión): https://github.com/arq5x/bedtools2
• pybedtools (>= 0.7.9): https://daler.github.io/pybedtools/
• Pandas (>= 0.16.0): http://pandas.pydata.org/
• Nacido en el mar (>= 0.7.1): http://seaborn.pydata.org/
• R (>= 3.0): https://www.r-project.org/
• Paquetes R que incluyen UpSetR (v1.4.0), corrplot

Instalar BEDTools

Estamos usando pybedtools, que es el contenedor de Python para BEDTools. Por lo tanto, BEDTools debe instalarse antes de utilizar Intervene. Se recomienda tener una versión más reciente, pero si ya tiene instalada una versión anterior, debería estar bien.

Una instalación rápida, si tienes conda instalado.

conda install -c bioconda bedtools

Lea las instrucciones en https://github.com/arq5x/bedtools2 para instalar BEDTools y asegúrese de que esté en su ruta y de que pueda llamar a bedtools desde cualquier directorio.

Instalar los paquetes R necesarios

Intervene requiere tres paquetes de R, UpSetR, corrplot para visualización y Cairo para generar figuras vectoriales y de mapas de bits de alta calidad.

install.packages(c( " UpSetR " , " corrplot " , " Cairo " ))

Instalar Intervenir desde la fuente

Puede instalar una versión de desarrollo utilizando git de GitHub o Bitbucket.

Instalar la versión de desarrollo de Bitbucket

Si tienes git instalado, usa esto:

git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Instalar la versión de desarrollo desde GitHub

Si tienes git instalado, usa esto:

git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

Cómo utilizar Intervenir

Una vez que haya instalado Intervenir, puede escribir:

intervene --help

Esto mostrará el siguiente mensaje de ayuda.

usage: intervene < subcommand > [options]

positional arguments < subcommand > :
  {venn,upset,pairwise}
                        List of subcommands
    venn                Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
    upset               UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
    pairwise            Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in < BED/GTF/GFF > format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program ' s version number and exit

para ver la ayuda de los tres subcomandos pairwise , tipo venn y upset :

intervene pairwise --help

intervene venn --help

intervene upset --help

Ejecutar Intervenir en datos de prueba

Para ejecutar Intervenir utilizando datos de ejemplo, utilice los siguientes comandos. Para acceder a los datos de la prueba, asegúrese de tener acceso sudo o root .

intervene pairwise --test

intervene venn --test

intervene upset --test

Si ha instalado Intervene localmente desde el código fuente, es posible que tenga problemas para encontrar datos de prueba. Puede descargar los datos de prueba aquí https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data y señalarlos usando -i en lugar de --test .

./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/ * .bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/ * .bed

Los tres comandos de prueba anteriores generarán las siguientes tres figuras (a, byc).

De forma predeterminada, sus resultados se almacenarán en el directorio de trabajo actual con una carpeta llamada Intervene_results . Si desea guardar los resultados en una carpeta específica, puede escribir:

 intervenir molesto --test --output ~/ruta/a/su/carpeta

Aplicación brillante interactiva

La aplicación Intervene Shiny está disponible gratuitamente en https://asntech.shinyapps.io/intervene o https://intervene.shinyapps.io/intervene

El código fuente de la aplicación Shiny está disponible en https://github.com/asntech/intervene-shiny

Apoyo

Si tiene preguntas o encuentra algún error en el programa, escríbanos a azez.khan[at]gmail.com

Cítanos

Si utiliza Intervene, cítenos: Khan A, Mathelier A. Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics. 2017;18:287. doi: 10.1186/s12859-017-1708-7