lightdock
0.9.4
LightDock es un marco de acoplamiento proteína-proteína, proteína-péptido y proteína-ADN basado en el algoritmo Glowworm Swarm Optimization (GSO).
El marco LightDock es muy versátil, con muchas opciones que los usuarios pueden desarrollar y optimizar aún más: puede aceptar cualquier función de puntuación definida por el usuario, puede utilizar minimización local sin gradiente, la simulación se puede restringir desde el principio para centrarse en Regiones de interacción asignadas por el usuario, admite restricciones de residuos tanto en receptores como en ligandos .
El protocolo LightDock y las actualizaciones para utilizar restricciones de residuos se publicaron en la revista Oxford Bioinformatics. Cite estas referencias si utiliza LightDock en su investigación:
LightDock: un nuevo enfoque multiescala para el acoplamiento proteína-proteína
Brian Jiménez-García, Jorge Roel-Touris, Miguel Romero-Durana, Miquel Vidal, Daniel Jiménez-González y Juan Fernández-Recio
Bioinformática , volumen 34, número 1, 1 de enero de 2018, páginas 49–55, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555
LightDock se basa en la información
Jorge Roel-Touris, Alexandre MJJ Bonvin, Brian Jiménez-García
Bioinformática , btz642; doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642
Modelado integrador de conjuntos de proteínas asociadas a membranas
Jorge Roel-Touris, Brian Jiménez-García y Alexandre MJJ Bonvin
Nat Comuna 11 , 6210 (2020); doi: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5
El software Lightdock es compatible y ha sido probado con los siguientes sistemas operativos:
Microsoft Windows no es compatible oficialmente, a pesar de que muchas partes del protocolo podrían ejecutarse. Úselo bajo su propio riesgo. Si desea contribuir a probar y desarrollar LightDock para Windows, contáctenos.
LightDock tiene las siguientes dependencias:
Las dependencias opcionales son:
La forma más rápida de instalar LightDock es utilizar pip :
pip install lightdockPara desarrollar y ampliar el código LightDock, siga estas instrucciones:
Clona este repositorio:
git clone https://github.com/lightdock/lightdock.gitAsegúrese de que las dependencias ya estén instaladas (a través de pip, administrador de paquetes, etc.):
Se recomienda crear un entorno virtual e instalarlo:
virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .Si no utiliza pip o setuptools para el desarrollo, existe un script bash para compilar todas las extensiones:
cd lightdock
./setup.sh Agregue las siguientes líneas a su archivo ~/.bashrc , no olvide cambiar /path/to/lightdock :
# LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOMENo olvides aplicar los cambios:
source ~ /.bashrcPuede ejecutar pruebas de LightDock:
cd lightdock
nosetestsLa documentación completa sobre cómo ejecutar el protocolo LightDock y varios tutoriales y casos de uso se pueden encontrar en https://lightdock.org/tutorials.
LightDock se está desarrollando activamente y pueden surgir algunos problemas o es posible que necesite ayuda adicional para ejecutar LightDock. En esos casos, hay dos formas principales de obtener ayuda:
LightDock está disponible bajo licencia GPLv3. Consulte el documento de LICENCIA para obtener más detalles.
