kma

Mantenme alrededor ( kma ): detección de retención de intrones

kma es un paquete R que realiza una estimación y detección de retención de intrones utilizando réplicas y remuestreo biológicos. El código actualizado siempre se puede encontrar en https://github.com/pachterlab/kma

Instalación

Para instalar, primero asegúrese de tener los paquetes requeridos:

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

Luego puede instalar el paquete con devtools :

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

Suponiendo que todo va bien, cargue kma :

 library("kma")

Tutorial

Después de que se haya instalado, consulte la viñeta en R:

 vignette("kma")

Errores y solicitudes de funciones

Por favor, presente estos en GitHub.

Trabajo futuro

• Análisis exploratorio adicional herramientas de trazado
• Proporcionar análisis de uso de intrones diferenciales entre condiciones experimentales
  • Actualmente tenemos algunas ideas sobre cómo hacer esto y probablemente lo implementaremos pronto.
• Proporcionar análisis de series de tiempo

Autores

El software fue desarrollado por Harold Pimentel. Los métodos se desarrollaron con Lior Pachter y John Conboy.

Herramientas de código abierto relacionadas

A continuación encontrará una lista de herramientas relacionadas y cómo difieren de kma .

Dexseq

Dexseq está interesado en el uso diferencial en las regiones genicas. Como resultado, no determina si un intrón se está "utilizando" (en relación con la expresión de transript), simplemente que se está "utilizando diferencialmente".

Miso

MISO puede calcular el porcentaje intrónico empalmado en (PSI), aunque actualmente requiere una anotación modificada de su sitio web. Actualmente, kma puede trabajar con cualquier anotación, ya que la anotación se procesará durante el paso de preprocesamiento. Además, MISO actualmente no proporciona Support incorporado para replicaciones.