dimple

hoyuelo

Tubería de cristalografía macromolecular para refinamiento y detección de ligando.

Ver documentos en http://ccp4.github.io/dimple

Instalación

Dimple es parte de la suite CCP4. Todo el trabajo es realizado por otros programas de la suite, que se ejecutan debajo. Lo más importante REFMAC y PHASER . Por lo tanto, debe tener instalado CCP4.

Para probar la última versión de desarrollo, clone este repositorio y ejecute ./dimple/dimple .

Dimple viene con una pequeña utilidad find-blobs . Si no lo compila, se utilizará la versión de la suite CCP4. La compilación requiere la biblioteca Clipper que a su vez requiere MMDB2 y LibCCP4. Puede construir todo, desde fuente o uso de conda para descargar binarios compilados con GCC 4.8. Este último se puede hacer instalando miniconda y haciendo:

 conda install -c mw clipper

Que construir hallazgos de búsqueda apuntando dónde están las bibliotecas requeridas:

 export CXXFLAGS="-D_GLIBCXX_USE_CXX11_ABI=0 -std=c++98"  # for GCC 5
cmake -D CMAKE_PREFIX_PATH=$HOME/miniconda2 .
make

No hay necesidad de Instalar: el binario aterrizó en el mismo directorio que los scripts y el hoyuelo de Python utilizarán programas desde aquí con preferencia a los de $CCP4/bin .

Si no funciona, consulte los métodos de contacto a continuación.

¿Comentarios?

Cualquier pensamiento, comentarios o comentarios es bienvenido. Si no funciona como se esperaba o no funciona en absoluto, háganos saber lo antes posible. Use el rastreador de problemas o envíe un correo electrónico a CCP4 HelpDesk o envíe un correo electrónico a [email protected] o.

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Hecho en la fuente de luz de diamante y en CCP4-Harwell.