tIGAr

tigarro

Una biblioteca de Python para el análisis isogeométrico (IGA) utilizando fenias. El siguiente artículo describe el diseño de TIGAR:

 @article{Kamensky2019,
title = "{tIGAr}: Automating isogeometric analysis with {FEniCS}",
journal = "Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering",
volume = "344",
pages = "477--498",
year = "2019",
issn = "0045-7825",
doi = "https://doi.org/10.1016/j.cma.2018.10.002",
author = "D. Kamensky and Y. Bazilevs"
}

Dependencias

• Cualquier uso significativo requiere fenices (versión 2019.2) y sus dependencias.
• Se requiere scipy. (SciPy ya está incluido en las distribuciones de fenices Docker).
• El uso del módulo NURBS requiere Igakit.
• La compilación de la documentación de la API requiere Sphinx.
• El programa más conveniente para visualizar los resultados es Paraview.

Instalación

Instale todas las dependencias, clone el repositorio PYTHONPATH o descargue y extraiga de un archivo) tIGAr agregue docs directorio de nivel superior del repositorio (a saber con la atención

 export PYTHONPATH=/path/to/repository/: $PYTHONPATH

a su archivo ~/.bashrc (y source -engaño). Para que (opcionalmente) cree la documentación de la API, cambie el directorio a docs y escriba make html . La documentación principal estará en ./_build/html/index.html , que se puede abrir con un navegador web.

En grupos

La forma más conveniente de usar fenias (y, por lo tanto, TIGAR) en los grupos de HPC es a través de la singularidad. Una receta de singularidad para usar tigar está en el archivo singularity-recipe.def . Se proporcionan algunas notas adicionales en los comentarios de ese archivo.

Problemas de instalación comunes

• petsc4py.PETSc.Mat object has no attribute PtAP : esto se debe a una versión anterior de petsc4py . Intente instalar la última versión a través de pip3 .
• ImportError: No module named dolfin : esto ocurre cuando se intenta usar python en lugar de python3 . Fenics 2018.1 y más nuevo ya no admiten Python 2.
• Python.h: No such file or directory : esto requiere instalar los archivos de encabezado para la API de Python C. En Ubuntu, estos se pueden instalar a través de sudo apt-get install python3-dev .
• ModuleNotFoundError: No module named 'scipy._lib.decorator' : intente reinstalar SciPy, que se puede hacer con el comando pip3 install --force-reinstall scipy .
• Errores debidos a versiones antiguas de los fenés: ejecute dolfin-version en un terminal para verificar su versión de fenés. Tenga en cuenta en particular que los PPA de Ubuntu para la versión estable actual de Fenics solo se mantienen para los lanzamientos más recientes de Ubuntu. Instalación a través del Administrador de paquetes en una antigua versión de Ubuntu puede instalar una versión anterior de Fenics.
• libgfortran.so.3 cannot be found , u otros problemas con libgfortran cuando usan el contenedor de singularidad: intente agregar apt-get -y install libgfortran3 en la sección %post en el archivo singularity-recipe.def .