MA_MA_meta

Ma_ma_meta

Repositorio de esfuerzos continuos de metanálisis múltiple de apertura múltiple en el Centro NIH para Alzheimer y Dementias (CARD) relacionadas.

Abstracto

Los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) de la enfermedad de Alzheimer se llevan a cabo predominantemente en individuos de ascendencia europea a pesar de la variación conocida en la arquitectura genética y la prevalencia de enfermedades entre las poblaciones globales. Aprovechamos las poblaciones hispanas publicadas y de novo de las poblaciones hispanas europeas, asiáticas orientales, afroamericanas y del Caribe para realizar el metaanálisis GWAS de la enfermedad de Alzheimer más grande de la enfermedad de Alzheimer. Este método nos permitió identificar dos loci independientes asociados a la enfermedad en el cromosoma 3. También aprovechamos diversas estructuras de haplotipos para los loci de mapas finos y evaluamos globalmente la heterogeneidad de los factores de riesgo conocidos entre las poblaciones. Además, comparamos la generalización de las puntuaciones de riesgo poligénico derivado de la anificación múltiple y un único en una población colombiana de tres vías. Nuestros hallazgos destacan la importancia de la representación de la apertura múltiple para descubrir y comprender los factores putativos que contribuyen al riesgo de enfermedad de Alzheimer.

Enlaces al manuscrito

1. Preimpresión
2. Publicación TBD

Descripción general

1. Metanálisis

   • MR-MEGA: Realización de un metaanálisis de apertura múltiple utilizando MR-MEGA V0.2.
   • Efectos aleatorios y fijos: realización de metanálisis de efectos fijos y aleatorios múltiples utilizando PLINK V1.9.

2. Análisis posteriores a GWAS

   • Identificación de loci novedosos: identificando loci potencialmente novedosos comparando con una lista de loci de anuncios conocidos.
   • Mapeo fino: mapeo fino usando MR-Mega para crear un 99% de conjuntos creíbles.
   • SMR: aleatorización mendeliana basada en resumen para nominar genes de susceptibilidad en loci novedosos.
   • PRS: Realización de análisis de puntaje de riesgo poligénico y evaluación del rendimiento con una curva de operador receptor.