consort

consorte

El objetivo de consort es facilitar la creación de diagramas de consorte para los informes transparentes de la asignación de participantes en ensayos clínicos aleatorios y controlados. Esto se hace creando datos de disposición estandarizados y utilizando estos datos como fuente para la creación de un diagrama de consorte estándar. El esfuerzo humano al suministrar etiquetas de texto en el nodo también se puede lograr.

Instalación

Puede instalar la versión lanzada de consorte desde CRAN con:

 install.packages ("consorte")

Y la versión de desarrollo de GitHub con:

 # install.packages ("DevTools") DevTools :: install_github ("adayim/consort")

Ejemplo

Este es un ejemplo básico que le muestra cómo resolver un diagrama Crear consorte con los datos de disposición del sujeto dados:

 Biblioteca (consorte) ## Código de ejemplo básico

 set.seed (1001) n <- 300trialno <- muestra (c (1000: 2000), n) exc <- rep (na, n) exc [muestra (1: n, 15)] <- muestra (c (" Muestra no recolectada "," resonancia magnética no recolectada "," otro "), 15, reemplazar = t, prob = c (0.4, 0.4, 0.2)) brazo <- Rep (na, n) brazo [is.na (exc) ] <- muestra (c ("conc", "seq"), sum (is.na (exc)), reemplazar = t) fow1 <- rep (na, n) fow1 [! is.na (brazo)] < - muestra (c ("retirarse", "descontinuado", "muerte", "otro", na),
                            sum (! is.na (brazo)), reemplazar = t, prob = c (0.05, 0.05, 0.05, 0.05, 0.8)) fow2 <- rep (na, n) fow2 [! is.na (brazo) & iss .na (fow1)] <- muestra (c ("desviación del protocolo", "Falta de resultados", Na),
                                          sum (! is.na (brazo) e is.na (fow1)), reemplazar = t,
                                           Prob = C (0.05, 0.05, 0.9)) DF <- data.frame (Trialno, Exc, Arm, Fow1, Fow2)
Cabeza (DF)#> Trialno Exc Arm Fow1 Fow2#> 1 1086 <na> Conc <Na> <Na>#> 2 1418 <na> seq <na> <na>#> 3 1502 <a> en la muerte <na >#> 4 1846 <a> conc <na> <na>#> 5 1303 <a> en la muerte <na>#> 6 1838 <na> seq <na> <na>

 out <- consort_plot (data = df, orden = c (samentno = "población", exc = "excluido", arm = "paciente aleatorizado", fow1 = "perdido de seguimiento", ensayo = "seguimiento terminado", Fow2, Fow2 = "No evaluable", sprieTNO = "Análisis final"), Side_box = c ("exc", "fow1", "fow2"), asignation = "arm", etiquetas = c ("1" = "detección", ",", " 2 "=" aleatorización "," 5 "=" final "), CEX = 0.6)

trama (fuera) 

Como el trazado grid no es muy ideal, el cálculo de los Coodinatos para los nodos no es un trabajo fácil y lo han hecho lo mejor posible. Siéntase libre de PR si desea mejorar. O puede producir gráfico Graphviz configurando grViz = TRUE en plot . Esto usará DiagrammeR para imprimir la trama. La trama es ideal para la salida brillante o HTML.

 Plot (fuera, grViz = True) 

O guarde este gráfico Graphviz en png o pdf

 plot (g, grviz = true) |> diagrammersvg :: export_svg () |>
     chartoraw () |> rsvg :: rsvg_pdf ("svg_graph.pdf")