bsub

Remitente y monitor del clúster LSF

Envía los comandos de scripts/shell de código R/shell al clúster LSF sin dejar R.

Instalar

Directamente de Cran:

install.packages( " bsub " )

O de Github:

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE ))
    install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " jokergoo/bsub " )

Documentación

La documentación en línea está disponible en https://jokergoo.github.io/bsub/.

Enviar trabajos

Envíe directamente r fragmento:

library( bsub )

# R code
bsub_chunk( name = " example " , memory = 10 , hours = 10 , cores = 4 , 
{
    fit = NMF :: nmf( ... )
    # you better save `fit` into a permanent file
    saveRDS( fit , file = " /path/of/fit.rds " )
})

Envíe un script R:

 # R script
bsub_script( name = " example " ,
    script = " /path/of/foo.R " , ... )

Enviar comandos de shell:

 # shell commands
bsub_cmd( name = " example " ,
    cmd = " samtools view ... " , ... )

Mata trabajos:

bkill( job_id )

Dependencia de trabajo

 job1 = bsub_chunk( ... )
job2 = bsub_chunk( ... )
bsub_chunk( ... , dependency = c( job1 , job2 ))

Ver información de trabajo

Ver resúmenes de trabajo:

 bjobs
brecent
bjobs_running
bjobs_pending
bjobs_done
bjobs_exit

Un ejemplo de las consultas de trabajo es el siguiente:

Ver Registro de trabajo:

job_log( job_id )

Monitor de trabajo interactivo

monitor()

La tabla de resumen del trabajo:

Registro de trabajo:

Diagrama de dependencia del trabajo:

Licencia

Mit @ zuguang gu