brainways

Cerebro

¿Qué son las vías cerebrales?

Brainways es una herramienta basada en IA para el registro automático, cuantificación y generación de redes de actividad de todo el cerebro basadas en fluorescencia en cortes coronales.

¿Por qué Brainways?

El registro de corte coronal, la cuantificación celular y el análisis de contraste de todo el cerebro entre las condiciones experimentales deben ser fácilmente accesibles desde un solo software, sin requerir experiencia de programación. La personalización debe ser fácil al tener un backend pitónico altamente flexible.

Empezando

Para instalar y ejecutar cerebros, ejecute lo siguiente en su entorno de Python:

pip install brainways
brainways ui

Siga nuestra guía de inicio para obtener más detalles.

Cómo funciona

Brainways permite a los usuarios registrarse, cuantificar y proporcionar un análisis de contraste estadístico siguiendo varios pasos simples:

1. Registro rígido de rodajas coronales a un Atlas 3D.
2. Registro no rígido de rodajas coronales a un Atlas 3D, para tener en cuenta la diferencia individual e imperfecciones en el procedimiento de adquisición.
3. Detección de células (usando estrardista).
4. Cuantificación de los recuentos celulares por región cerebral.
5. Análisis estadístico:
   • Análisis de contraste de ANOVA.
   • Análisis PLS (parcial mínimo cuadrado).
   • Creación de gráficos de red.

Arquitectura

Brainways se implementa como tres módulos. brainways.ui contiene la implementación de la GUI como un complemento de Napari. brainways.ui está usando brainways como su backend. Toda la funcionalidad se implementa en el paquete Brainways. Esta separación se realizó para garantizar que Brainways es un software de Agnóstico GUI, y se puede acceder a su totalidad y manipular a través del código Python para permitir escenarios de uso complejos personalizados. El código que se utilizó para entrenar, evaluar y ejecutar el modelo de registro automático reside en brainways-reg-model .

Estado de desarrollo

Brainways está siendo desarrollado activamente por Ben Kantor de Bartal Lab, Universidad de Tel Aviv, Israel. Nuestros lanzamientos se pueden encontrar aquí.

Citación

Si usa cerebros, cite Kantor y Bartal (2023):

 @article{kantor2023brainways,
  title={Brainways: An Open-Source AI-based Software For Registration and Analysis of Fluorescent   Markers on Coronal Brain Slices},
  author={Kantor, Ben and Ben-Ami Bartal, Inbal},
  journal={bioRxiv},
  pages={2023--05},
  year={2023},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}

Licencia

Distribuido bajo los términos de la licencia GNU GPL v3.0, "Brainways" es un software gratuito y de código abierto

Asuntos

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