El iPhone 6 ejecuta el sistema iOS 8, mientras que el Apple 6s está equipado con el sistema iOS 9. En comparación con iOS 8, iOS 9 ha mejorado en términos de optimización del rendimiento, mejora de la seguridad y nuevas funciones. Por ejemplo, iOS 9 introduce nuevas funciones como mejora de búsqueda destacada, aplicación de noticias y modo de bajo consumo.
Debido al uso del chip A9 en el Apple 6s, la velocidad de procesamiento se ha mejorado significativamente en comparación con el chip A8 del Apple 6, lo que lo hace más fluido al ejecutar aplicaciones o juegos grandes. Al mismo tiempo, Apple 6s admite funciones de aplicaciones más modernas, como funciones táctiles 3D, que brindan a los usuarios métodos más interactivos y opciones de operación rápida.
Aunque las cámaras traseras del iPhone 6 y del iPhone 6s tienen 12 millones de píxeles, el Apple 6s ha sido mejorado en términos de calidad de grabación de vídeo, rendimiento en entornos con poca luz y algoritmos de procesamiento de imágenes. El iPhone 6s admite grabación de vídeo 4k, mientras que el iPhone 6 está limitado a vídeo HD de 1080p. Además, la función de fotos en vivo del Apple 6s también aumenta la diversión y la interactividad de las fotos.
Aunque el Apple 6s ha sido actualizado en términos de hardware, la capacidad de su batería no ha aumentado significativamente debido a un procesador más potente y una pantalla de mayor resolución. Por lo tanto, en el uso diario, la duración de la batería del Apple 6s puede ser ligeramente inferior a la del Apple 6. Sin embargo, Apple 6s admite una tecnología de carga más rápida, que puede reducir el tiempo de espera de carga.
El Apple 6s también ha sido mejorado en términos de seguridad, como por ejemplo añadiendo la función de reconocimiento de huellas dactilares Touch ID (si el dispositivo está equipado con esta función). Apple 6 también es compatible con Touch ID, pero en términos de algunas funciones de seguridad y tecnologías de cifrado más nuevas, Apple 6s tiene ciertas ventajas.