nextflow
ersion
Henri E. Bal, Jennifer G. Steiner, Andrew S. Tanenbaum
Nextflow est un système de flux de travail permettant de créer des flux de travail évolutifs, portables et reproductibles. Il est basé sur le modèle de programmation de flux de données, qui simplifie grandement l'écriture de pipelines parallèles et distribués, vous permettant de vous concentrer sur le flux de données et le calcul. Nextflow peut déployer des flux de travail sur diverses plates-formes d'exécution, notamment votre machine locale, les planificateurs HPC, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch et Kubernetes. De plus, il prend en charge de nombreuses façons de gérer vos dépendances logicielles, notamment Conda, Spack, Docker, Podman, Singularity, etc.
Installez Nextflow avec une seule commande :
curl -fsSL https://get.nextflow.io | frapper
Il crée le fichier exécutable nextflow dans le répertoire courant. Vous pouvez ensuite le déplacer vers un répertoire de votre $PATH pour l'exécuter de n'importe où.
Nextflow peut également être installé depuis Bioconda :
conda install -c bioconda nextflow
La documentation Nextflow est disponible pour les dernières versions stables et Edge.
Vous pouvez poster des questions et obtenir de l'aide sur le forum de la communauté Nextflow ou sur Nextflow Slack. Les bogues et les demandes de fonctionnalités doivent être signalés comme des problèmes GitHub.
La communauté Nextflow est très active avec des réunions communautaires régulières, des événements, un podcast et bien plus encore. Vous pouvez visionner une grande partie de ce matériel sur les chaînes YouTube Nextflow et nf-core.
Le projet nf-core est un effort communautaire regroupant des flux de travail Nextflow de haute qualité qui peuvent être utilisés par tout le monde.
Les contributions sont plus que bienvenues. Voir le fichier CONTRIBUTIF pour plus de détails.
Nextflow est publié sous la licence Apache 2.0. Nextflow est une marque déposée.
Si vous utilisez Nextflow dans votre travail, veuillez citer :
P. Di Tommaso, et al. Nextflow permet des flux de travail informatiques reproductibles. Nature Biotechnologie 35, 316-319 (2017) est ce que je:10.1038/nbt.3820
Nextflow est construit sur deux *grands* projets de logiciels open source, Groovy et GPars.
YourKit prend aimablement en charge Nextflow avec son profileur Java complet.
