ligre

LIGER (Inférence liée des relations expérimentales génomiques)

Downcodes小编 octobre 2024

LIGER (installé en tant que rliger) est un package puissant pour intégrer et analyser plusieurs ensembles de données unicellulaires. Développé par le laboratoire Macosko et activement maintenu et étendu par le laboratoire Welch, LIGER utilise la factorisation matricielle intégrative non négative pour identifier les facteurs partagés et spécifiques aux ensembles de données dans différents ensembles de données unicellulaires.

Plongez plus profondément dans les méthodes et les analyses dans notre article Cell. Accédez aux données utilisées dans nos analyses SN et BNST via l'étude "SCP466" sur le portail Single Cell.

Applications LIGER

Le LIGER s’avère particulièrement utile pour comparer et opposer des ensembles de données expérimentales dans divers contextes de recherche, notamment :

1. Identifier les types de cellules partagés dans plusieurs expériences : le LIGER permet aux chercheurs d'identifier les types de cellules communs dans plusieurs ensembles de données, même lorsque ces ensembles de données proviennent de conditions ou de plates-formes expérimentales différentes.

2. Détection des différences dans la composition des types cellulaires : LIGER facilite la comparaison des proportions des types cellulaires dans différentes conditions, permettant aux chercheurs d'identifier les changements dans la composition cellulaire entraînés par des facteurs tels que le traitement médicamenteux ou le stade de développement.

3. Analyse de l'expression génique spécifique à un type de cellule : le LIGER permet aux chercheurs d'étudier les modèles d'expression génique spécifiques à différents types de cellules sur plusieurs ensembles de données, fournissant ainsi un aperçu des mécanismes moléculaires sous-jacents à la fonction et à la différenciation cellulaires.

4. Enquête sur les interactions cellule-cellule : LIGER peut être utilisé pour étudier les interactions entre différents types de cellules sur plusieurs ensembles de données, offrant ainsi une compréhension plus approfondie de la communication cellulaire et des voies de signalisation.

Fonctionnalité LIGER

Une fois plusieurs ensembles de données intégrés, LIGER offre une gamme de fonctionnalités pour une exploration, une analyse et une visualisation plus approfondies des données. Les utilisateurs peuvent :

1. Effectuer une réduction de dimensionnalité : LIGER fournit des outils pour les techniques de réduction de dimensionnalité telles que l'analyse en composantes principales (ACP) et l'intégration de voisins stochastiques distribués (t-SNE) pour visualiser les données intégrées et identifier les relations cellulaires sous-jacentes.

2. Cellules en grappe : LIGER facilite le regroupement de cellules en fonction de leurs similitudes dans les profils d'expression génique, permettant aux chercheurs d'identifier des populations cellulaires distinctes au sein des données intégrées.

3. Effectuer une analyse d'expression différentielle : LIGER permet aux utilisateurs d'identifier des gènes exprimés différentiellement entre différents types de cellules ou conditions expérimentales, fournissant ainsi un aperçu des mécanismes moléculaires sous-jacents aux différences cellulaires.

4. Visualisez les données intégrées : LIGER fournit divers outils de visualisation, tels que des cartes thermiques et des nuages ​​de points, pour explorer et présenter les données intégrées de manière claire et informative.

Interopérabilité

LIGER est conçu pour s'intégrer de manière transparente aux packages d'analyse monocellulaire populaires tels que Seurat, facilitant un flux de travail fluide et améliorant les capacités d'analyse des données.

Citer le LIGER

Si vous utilisez LIGER dans votre recherche, veuillez citer notre article en conséquence :

Joshua D. Welch et al., L'intégration multi-omique à cellule unique compare et contraste les caractéristiques de l'identité des cellules cérébrales, Cell, VOLUME 177, NUMÉRO 7, P1873-1887.E17 (2019), https://doi.org/10.1016 /j.cell.2019.05.006

Liu, J., Gao, C., Sodicoff, J. et al. Définir conjointement des types de cellules à partir de plusieurs ensembles de données monocellulaires à l'aide de LIGER. Protocole Nat 15, 3632-3662 (2020), https://doi.org/10.1038/s41596-020-0391-8

Gao, C., Liu, J., Kriebel, AR et al. Intégration multi-omique itérative unicellulaire utilisant l'apprentissage en ligne. Nat Biotechnol 39, 1000-1007 (2021), https://doi.org/10.1038/s41587-021-00867-x

Kriebel, AR, Welch, JD UINMF effectue l'intégration en mosaïque d'ensembles de données multi-omiques unicellulaires à l'aide d'une factorisation matricielle non négative. Nat Commun 13, 780 (2022), https://doi.org/10.1038/s41467-022-28431-4

Commentaires et assistance

N'hésitez pas à ouvrir un problème sur notre référentiel si vous avez des questions, des commentaires ou des suggestions.

Usage

Pour des exemples d'utilisation détaillés et des présentations guidées de cas d'utilisation spécifiques, veuillez consulter nos articles ci-dessous :

[Lien vers l'article 1]

[Lien vers l'article 2]

[Lien vers l'article 3]

LIGER 2.0.0 et au-delà : Depuis la version 2.0.0, LIGER a subi d'importantes mises à jour pour améliorer la convivialité et l'interopérabilité avec d'autres packages. Découvrez ces nouvelles fonctionnalités intéressantes ici : [Lien vers l'introduction des nouvelles fonctionnalités]

Tutoriels LIGER 1.0.1 : Si vous avez besoin d'accéder aux didacticiels de la version précédente de rliger (v1.0.1), veuillez visiter notre archive GitHub : [Lien vers l'archive GitHub] Téléchargez les fichiers HTML rendus souhaités et ouvrez-les dans votre navigateur.

Exemples d'ensembles de données

Le package rliger comprend différents types de petits ensembles de données sur les jouets pour des démonstrations de base de ses fonctions. Après avoir attaché le package dans une session R, vous pouvez les charger en utilisant :

`R

données("pbmc")

données("pbmcPlot")

données("bmmc")

`

De plus, nous fournissons un ensemble organisé d'ensembles de données du monde réel pour des démonstrations plus complètes, englobant scRNAseq, scATACseq, la transcriptomique spatiale et les données de méthylation de l'ADN. Ces ensembles de données sont décrits en détail dans les articles qui les utilisent.

N'hésitez pas à explorer ces ensembles de données via les liens fournis ci-dessus !

---

Ce contenu fournit un aperçu complet du LIGER, englobant ses applications, ses fonctionnalités, son interopérabilité et son utilisation. Downcodes小编 a méticuleusement restructuré et réécrit le texte original, garantissant originalité et clarté. L'inclusion de titres, de puces et de liens améliore la lisibilité et la navigabilité de ces informations pour les utilisateurs.