muscle
Version 5.2 with support for protein structure alignment
Muscle est un logiciel largement utilisé pour réaliser plusieurs alignements de séquences biologiques.
Muscle obtient les scores les plus élevés aux tests de référence Balibase, Bralibase et Balifam et s'adapte à des milliers de séquences ou de structures sur un ordinateur de bureau standard.
Supports musculaires générant un ensemble d’alignements alternatifs avec la même haute précision obtenue avec les paramètres par défaut. En comparant les prédictions en aval de différents alignements, tels que les arbres, un biologiste peut évaluer la robustesse des conclusions face aux variations d'alignement causées par des ambiguïtés et des erreurs.
L'alignement de la structure (« Muscle-3D ») est pris en charge ainsi que l'alignement conventionnel des séquences d'acides aminés. L'entrée pour l'alignement de la structure est un fichier "méga" généré par la commande pdb2mega de reseek (https://github.com/rcedgar/reseek).
# pour jusqu'à ~100 structures rechercher -pdb2mega STRUCTS -output structs.mega muscle -align structs.mega -output structs.afa # pour jusqu'à ~10 000 structures rechercher -convertir STRUCTS -bca structs.bca rechercher -pdb2mega structs.bca -output structs.mega rechercher -distmx structs.bca -output structs.distmx muscle -super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -output structs.afa
Les fichiers binaires sont autonomes, sans dépendances. Pour l'installer, téléchargez le binaire et assurez-vous que le bit d'exécution est défini.
https://github.com/rcedgar/muscle/releases
Page d'accueil de Muscle v5
Manuel
https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE
Edgar RC., Muscle5 : Les ensembles d’alignement de haute précision permettent des évaluations impartiales de l’homologie des séquences et de la phylogénie. Communications naturelles 13.1 (2022) : 6968.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf
Edgar RC. et Tolstoï I., Muscle-3D : alignement évolutif de structures protéiques multiples (2024) BioRxiv .
