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FacileAmplicon

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La version chinoise dans (中文版见) README_cn.md

EasyAmplicon : un pipeline facile à utiliser, open source, reproductible et communautaire pour l'analyse des données d'amplicons dans la recherche sur le microbiome

Version：v1.21

Mise à jour：2024/08/05

Manuel du pipeline et description du fichier

Utilisation de RStudio pour ouvrir le pipeline disponible en chinois (pipeline.sh) et en anglais (pipeline_en.sh)

Description des fichiers :

Readme.md # Introduction et installation
pipeline.sh # Analyse en ligne de commande pour Windows et Linux (disponible en chinois et en anglais)
pipeline_mac.sh # Analyse en ligne de commande pour MacOS
result/ # Exemple de données de résultat
result/Diversity.Rmd # Analyse interactive de la diversité dans R et sortie d'un rapport reproductible au format HTML

Que pouvons-nous faire ?

Analyse et visualisation des données du microbiome, notamment pour l'amplicon d'ADNr 16S ;
Des données brutes aux tableaux de fonctionnalités ;
Prend en charge plus de 20 méthodes d'analyse et une visualisation prête à être publiée ;
Terminez votre projet sur votre ordinateur portable en peu de temps (environ 3 heures) ;
Manuel de matériel de support et vidéos en chinois/anglais.

Figure 1. Le pipeline d'EasyAmplicon pour analyser les séquences d'amplicons à extrémités appariées.

Figure 2. Exemples de visualisations de qualité publication.

Figure 3. Exemples supplémentaires de visualisations de qualité publication par rapport à la figure 2.

Figure 4. Visualisations générées par un logiciel tiers à l'aide des fichiers intermédiaires d'EasyAmplicon.

Installer

Installer la dépendance

Toutes les sauvegardes du logiciel se trouvent dans

FTP : Filezilla visite FTP download.nmdc.cn de manière anonyme. Dans le répertoire tools, vous pouvez trouver tous les logiciels et packages d'amplicon et les différents systèmes supportant ce type de mac, win
Disque réseau Baidu：https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

Veuillez installer le logiciel de dépendance en fonction de votre système (Win/Mac/Linux).

R 4.xx est recommandé pour exécuter des scripts R https://www.r-project.org/. Il est également recommandé d'installer Rtools pour les packages de code source.
RStudio 2023.xx.x est un environnement de développement intégré pour R https://posit.co/download/rstudio-desktop/
STAMP v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
Git pour Windows 2.xx.x (Windows uniquement) http://gitforwindows.org/
Installation rapide des packages R

Les statistiques et la visualisation peuvent nécessiter > 500 packages R. L'installation prend du temps et peut également faire appel à d'autres outils de compilation. Vous pouvez télécharger tous les packages R nécessaires sur https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip ou db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip, puis décompresser et prendre le Dossier 4.x dans C:Users[$UserName]AppDataLocalRwin-library

Installer EasyAmplicon

Méthode 1. Visitez la page d'accueil de GitHub, Code - Télécharger
Pipeline EasyAmplicon (Contrôle positif) https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon
EasyMicrobiome comprend des scripts et des bases de données https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

Téléchargez le projet en C: ou D: puis décompressez (conservez le nom du répertoire exactement le nom du logiciel)

Méthode 2. Téléchargement depuis le site miroir dans BaiduNetDisk : https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz ou EasyMicrobiome.tar.gz
Méthode 3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon et git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome . Remarque : fatal: unable to access vous pouvez réessayer.

Démarrage rapide

En utilisant Windows 10+ comme exemple :

Ouvrez RStudio et définissez le terminal sur Git Bash (Outils - Options globales - Terminal - Nouveaux terminaux - Git Bash - OK)
Fichier -- Fichier ouvert -- Dossier EasyAmplicon -- pipeline.sh (windows/linux) ou pipeline_mac.sh (mac)
Configurez le work directory (wd) et EasyMicrobiome directory (db), puis exécutez chaque ligne en cliquant sur Exécuter dans le coin supérieur droit

Exemple d'ensemble de données

seq/ # séquençage brut au format fastq zippé, la sauvegarde peut être téléchargée par métadonnées depuis GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
result/ # Exemples de données et de chiffres pour un pipeline standard, tel que alpha, bêta, taxe
advanced/ # Exemple d'analyse avancée, incluant les données, les scripts et les chiffres de sortie

FAQ

Foire aux questions dans pipeline.sh

Remarque : Tous les scripts .sh sont écrits au format markdown, en utilisant Youdao Note ou VSCode pour une meilleure expérience de lecture.

Citation

Si vous utilisez ce script, veuillez citer :

Yong-Xin Liu , Lei Chen, Tengfei Ma, Xiaofang Li, Maosheng Zheng, Xin Zhou, Liang Chen, Xubo Qian, Jiao Xi, Hongye Lu, Huiluo Cao, Xiaoya Ma, Bian Bian, Pengfan Zhang, Jiqiu Wu, Ren-You Gan, Baolei Jia, Linyang Sun, Zhicheng Ju, Yunyun Gao, Tao Wen , Tong Chen . 2023. EasyAmplicon : un pipeline facile à utiliser, open source, reproductible et communautaire pour l'analyse des données d'amplicons dans la recherche sur le microbiome. iMéta 2 : e83. https://doi.org/10.1002/imt2.83

Développer

Informations supplémentaires