Bienvenue sur elastix : une boîte à outils pour l'enregistrement rigide et non rigide d'images.
elastix est un logiciel open source, basé sur le célèbre Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK). Le logiciel se compose d'un ensemble d'algorithmes couramment utilisés pour effectuer l'enregistrement d'images (médicales) : la tâche consistant à trouver une transformation spatiale, en mappant une image (l'image fixe ) sur une autre (l'image animée ), en optimisant les métriques de similarité d'image pertinentes. . La conception modulaire d'elastix permet à l'utilisateur de configurer, tester et comparer rapidement différentes méthodes d'enregistrement pour une application spécifique. Une interface de ligne de commande permet le traitement automatisé d'un grand nombre d'ensembles de données, au moyen de scripts. Aujourd'hui, elastix est accompagné d'ITKElastix le rendant disponible en Python (sur Pypi) et de SimpleElastix, le rendant disponible dans des langages comme C++, Python, Java, R, Ruby, C# et Lua. Une image Docker de la dernière version d'Elastix est également disponible sur Dockerhub. Plusieurs plugins existent pour ceux qui souhaitent utiliser les fonctionnalités d'elastix dans une interface utilisateur graphique, entre autres un plugin napari et 3Dslicer.
Les principaux développeurs d'elastix sont Stefan Klein et Marius Staring. Ce logiciel a été initialement développé à l'Institut des Sciences de l'Image, sous la direction de Josien PW Pluim. Aujourd’hui, nombreux sont ceux qui ont contribué à elastix.
Si vous utilisez ce logiciel quelque part, nous apprécierions que vous citiez les articles suivants :
Les composants spécifiques d’elastix sont fabriqués par de nombreuses personnes ; La citation pertinente peut être trouvée ici. De plus, vous pouvez utiliser les identifiants elastix DOI de Zenodo pour faire référence à des versions logicielles spécifiques : https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.13366181
Plus d'informations, y compris un manuel détaillé et un zoo modèle, peuvent être trouvées sur le wiki
Des didacticiels interactifs sont disponibles dans les notebooks Jupyter.
Vous pouvez également vous inscrire à la liste de diffusion pour les questions. Des informations sur la contribution à elastix peuvent être trouvées ici.
