ArchR
Release_1.0.2
Analyse scATAC-seq et scRNA-seq appariées
ArchR prend désormais en charge les analyses scATAC-seq et scRNA-seq associées !
Voir les mises à jour avec importFeatureMatrix, addGeneExpressionMatrix, addIterativeLSI, addCombinedDims
Pour un bref tutoriel de ces fonctionnalités : https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html
Analyse de trajectoire
ArchR prend désormais directement en charge l'analyse de trajectoire basée sur Monocle3 et Slingshot !
Voir les mises à jour avec getMonocleTrajectories, addMonocleTrajectory, addSlingShotTrajectories
Pour un bref tutoriel de ces fonctionnalités : https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html
De plus, ArchR permet désormais l'exportation d'une matrice de pics compatible avec STREAM !
Voir les mises à jour avec exportPeakMatrixForSTREAM
ArchR est un package R complet pour le traitement et l'analyse des données ATAC-seq unicellulaires. ArchR fournit la suite la plus complète d'outils d'analyse scATAC-seq parmi tous les logiciels disponibles. De plus, ArchR excelle à la fois en termes de vitesse et d'utilisation des ressources, permettant d'analyser 1 million de cellules en 8 heures sur un ordinateur portable MacBook Pro.
Pour une présentation complète de l'installation et des problèmes fréquemment associés, veuillez visiter www.ArchRProject.com.
Tout d’abord, installez les outils de développement (pour installer les packages GitHub) s’ils ne sont pas déjà installés :
if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )Ensuite, installez BiocManager (pour installer les packages de bioconducteurs) s'il n'est pas déjà installé :
if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )Ensuite, installez ArchR :
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())Enfin, installez toutes les dépendances ArchR qui ne sont pas installées par défaut :
library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()Si l'une de ces étapes échoue, vous devez identifier le package incriminé et dépanner cette installation individuelle avant de continuer. De plus, veuillez consulter le site Web ArchR (www.ArchRProject.com) où nous proposons des conseils de dépannage lors de l'installation.
ArchR est actuellement en version bêta . Nous nous attendons à ce qu’il y ait des obstacles sur la route. Si vous pensez avoir trouvé un bug, veuillez d'abord installer la dernière version d'ArchR via
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())Si cela ne résout pas votre problème, veuillez signaler un problème sur Github avec le formulaire de rapport de bug .
Si vous avez des questions sur l'utilisation d'ArchR, veuillez vous référer au manuel d'utilisation complet consultable, à la section FAQ et à la publication. Si vous pensez que la documentation sur ce site Web ou dans les annotations de fonction n'est pas claire, veuillez soumettre un problème sur Github avec le formulaire de demande de documentation . Si vous pensez qu'une fonctionnalité manque dans ArchR et que vous avez déjà effectué une recherche dans le manuel de l'utilisateur , soumettez un problème sur Github avec le formulaire de demande de fonctionnalité . Si aucune de ces options ne vous aide, envoyez-nous un e-mail. Nous ferons de notre mieux pour répondre aux questions qui ne trouveraient pas de réponse dans la documentation.
