Mince
Version 4.3
SLiM est un cadre de simulation évolutive qui combine un moteur puissant pour les simulations génétiques des populations avec la capacité de modéliser des scénarios évolutifs arbitrairement complexes. Les simulations sont configurées via le langage de script Eidos intégré qui permet un contrôle interactif sur pratiquement tous les aspects des scénarios simulés. Le moteur de simulation individuel sous-jacent est hautement optimisé pour permettre la modélisation de chromosomes entiers dans de grandes populations. Nous fournissons également une interface utilisateur graphique appelée SLiMgui sur macOS, Linux et Windows pour une configuration facile de la simulation, un contrôle d'exécution interactif et une visualisation dynamique des résultats de la simulation.
Ce référentiel GitHub héberge la version principale de développement en amont de SLiM et SLiMgui.
La version finale de SLiM et SLiMgui est disponible sur http://messerlab.org/slim/.
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SLiM est un logiciel libre : vous pouvez le redistribuer et/ou le modifier selon les termes de la licence publique générale GNU telle que publiée par la Free Software Foundation, soit la version 3 de la licence, soit (à votre choix) toute version ultérieure.
SLiM est distribué dans l'espoir qu'il sera utile, mais SANS AUCUNE GARANTIE ; sans même la garantie implicite de QUALITÉ MARCHANDE ou d’ADAPTATION À UN USAGE PARTICULIER. Consultez la licence publique générale GNU pour plus de détails.
Vous devriez avoir reçu une copie de la licence publique générale GNU avec SLiM. Sinon, consultez http://www.gnu.org/licenses/.
SLiM est en cours de développement actif et notre objectif est de le rendre aussi largement utile que possible. Si vous avez des commentaires ou des demandes de fonctionnalités, ou si vous souhaitez contribuer à SLiM, veuillez contacter Philipp Messer à [email protected]. Veuillez noter que Philipp recherche également des étudiants diplômés et postdoctoraux.
Vous recherchez des packages binaires/installateurs ?
Les sous-sections suivantes résument les méthodes disponibles pour acquérir SLiM (et SLiMgui). Construire à partir de sources est également une option sur toutes les plateformes ; voir la section suivante. Le chapitre 2 du manuel SLiM contient beaucoup plus de détails sur l'installation et la construction de SLiM. Le manuel et d'autres ressources SLiM sont disponibles sur http://messerlab.org/slim/.
Téléchargez et double-cliquez sur le programme d'installation de macOS depuis la page d'accueil de SLiM à l'adresse https://messerlab.org/slim/#Downloads. Il installera les outils de ligne de commande slim et eidos , ainsi que SLiMgui.
Toutes les distributions basées sur Arch qui prennent en charge l'AUR doivent être compatibles.
https://aur.archlinux.org/packages/slim-simulator/
La compatibilité des distributions dérivées n'est pas garantie avec ces packages binaires. Activez le référentiel pour votre système d'exploitation ; vous pouvez également essayer d'utiliser le package RPM source pour reconstruire le package pour votre système afin de vous offrir une excellente intégration pour toute distribution basée sur RPM.
https://copr.fedorainfracloud.org/coprs/bacarson/SLiM-Selection_on_Linked_Mutations/
Un script shell utilisant les fonctionnalités de dpkg est disponible. Il utilise la cible d'installation CMake pour intégrer SLiMgui à l'environnement de bureau. Il a l'avantage par rapport à la construction à partir des sources de vérifier les dépendances de construction pour vous et de supprimer automatiquement les artefacts de construction de /tmp . Sourcez le script avec curl en suivant les instructions du manuel.
https://raw.githubusercontent.com/MesserLab/SLiM-Extras/master/installation/DebianUbuntuInstall.sh
Si MSYS2 est installé, vous pouvez exécuter pacman -Syu pour mettre à jour ses informations (voir le manuel SLiM pour plus d'informations). Vous pouvez ensuite installer SLiM et SLiMgui avec :
pacman -S mingw-w64-x86_64-slim-simulator
Le manuel SLiM fournit des instructions détaillées sur la création et l'installation de SLiM et SLiMgui sous WSL2.
Vous pouvez créer à la fois SLiM et SLiMgui à partir de sources. Cela peut être utile, en particulier, si vous souhaitez exécuter une version de développement récente de SLiM, plutôt que la dernière version publiée. Voir le chapitre 2 du manuel SLiM pour plus d'informations sur la construction à partir de sources sur diverses plates-formes.
