jcvi

JCVI : une boîte à outils polyvalente pour l'analyse génomique comparative

Collection de bibliothèques Python pour analyser des fichiers bioinformatiques ou effectuer des calculs liés à l'assemblage, à l'annotation et à la génomique comparative.

Auteurs	Haibao Tang (tanghaibao)
	Vivek Krishnakumar (vivekkrish)
	Xingtan Zhang (tangerzhang)
	A gagné Cheol Yim (wyim-pgl)
E-mail	[email protected]
Licence	BSD

Comment citer

Conseil

JCVI est maintenant publié dans iMeta !

Tang et coll. (2024) JCVI : Une boîte à outils polyvalente pour l’analyse génomique comparative. iMéta

Contenu

Les modules suivants sont disponibles en tant que méthodes génériques de manipulation bioinformatique.

• algorithmes

  • Solveur de programmation linéaire avec SCIP et GLPK.
  • Supermap : recherchez un ensemble d'ancres qui ne se chevauchent pas dans la sortie BLAST ou NUCMER.
  • Sous-séquence croissante la plus longue ou la plus lourde.
  • Opérations matricielles.

• applications

  • GenBank entrez accession, Phytozome, Ensembl et SRA downloader.
  • Calculez le taux de substitution (non) synonyme entre les paires de gènes.
  • Construction d'arbres phylogénétiques de base à l'aide de PHYLIP, PhyML ou RAxML et visualisation.
  • Wrapper pour BLAST+, LASTZ, LAST, BWA, BOWTIE2, CLC, CDHIT, CAP3, etc.

• formats

  Prend actuellement en charge le format .ace (phrap, cap3, etc.), .agp (goldenpath), le format .bed , la sortie .blast , le format .btab , le format .coords (sortie nucmer ), le format .fasta , le format .fastq , .fpc format, format .gff , format obo (ontologie), format .psl (UCSC blat, GMAP, etc.), format .posmap (sortie de l'assembleur Celera), format .sam (mappage de lecture), format .contig (format d'assemblage TIGR) , etc.

• graphique

  • BLAST ou synteny dot plot.
  • Histogramme utilisant l'art R et ASCII.
  • Peignez les régions sur un ensemble de chromosomes.
  • Graphiques de macro-synténie et de micro-synténie.

• utilitaires

  • Le groupeur peut être utilisé comme structure de données d’ensemble disjoint.
  • range contient des opérations de plage courantes, comme le chevauchement et le chaînage.
  • Diverses recettes de livres de cuisine, itérateurs décorateurs, utilitaires de table.

Ensuite, il existe des modules qui contiennent des méthodes spécifiques au domaine.

• assemblée

  • Analyse de l'histogramme K-mer.
  • Préparation et validation du chemin de mosaïque pour les assemblages basés sur des clones.
  • Échafaudage via ALLMAPS, carte optique et carte génétique.
  • Procédures de contrôle qualité avant et après assemblage.

• annotation

  • Formation de prédicteurs de gènes ab initio .
  • Calculez les statistiques des gènes, des exons et des introns.
  • Wrapper pour PASA et EVM.
  • Lancez plusieurs processus MAKER.

• comparer

  • Filtre BLAST basé sur le score C.
  • Scannez Synteny (de-novo) et soulevez (trouver les ancres à proximité).
  • Reconstruction du génome ancestral par la méthode de Sankoff et PAR.
  • Recherche de doublons de gènes orthologues et tandem.

Applications

Veuillez visiter le wiki pour les applications complètes.

Dépendances

Voici une liste de packages Python tiers utilisés par certaines routines de la bibliothèque. Ces dépendances ne sont pas obligatoires puisqu'elles ne sont utilisées que par quelques modules.

• Biopython
• numpy
• matplotlib

Il existe d'autres modules Python ici et là dans divers scripts. Le meilleur moyen est de les installer via pip install lorsque vous voyez ImportError .

Installation

Le moyen le plus simple est de l'installer via PyPI :

 pip install jcvi

Pour installer la version de développement :

 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

Alternativement, si vous souhaitez installer manuellement :

 cd ~/code  # or any directory of your choice
git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
pip install -e .

De plus, quelques modules peuvent demander des emplacements de programmes externes, si l'extension est introuvable dans votre PATH . Les programmes externes souvent utilisés sont :

• Outils Kent
• OUTILS DE LIT
• GAUFRER

La plupart des scripts de ce package contiennent plusieurs actions. Pour utiliser l'exemple fasta :

 Usage:
    python -m jcvi.formats.fasta ACTION


Available ACTIONs:
          clean | Remove irregular chars in FASTA seqs
           diff | Check if two fasta records contain same information
        extract | Given fasta file and seq id, retrieve the sequence in fasta format
          fastq | Combine fasta and qual to create fastq file
         filter | Filter the records by size
         format | Trim accession id to the first space or switch id based on 2-column mapping file
        fromtab | Convert 2-column sequence file to FASTA format
           gaps | Print out a list of gap sizes within sequences
             gc | Plot G+C content distribution
      identical | Given 2 fasta files, find all exactly identical records
            ids | Generate a list of headers
           info | Run `sequence_info` on fasta files
          ispcr | Reformat paired primers into isPcr query format
           join | Concatenate a list of seqs and add gaps in between
     longestorf | Find longest orf for CDS fasta
           pair | Sort paired reads to .pairs, rest to .fragments
    pairinplace | Starting from fragment.fasta, find if adjacent records can form pairs
           pool | Pool a bunch of fastafiles together and add prefix
           qual | Generate dummy .qual file based on FASTA file
         random | Randomly take some records
         sequin | Generate a gapped fasta file for sequin submission
       simulate | Simulate random fasta file for testing
           some | Include or exclude a list of records (also performs on .qual file if available)
           sort | Sort the records by IDs, sizes, etc.
        summary | Report the real no of bases and N's in fasta files
           tidy | Normalize gap sizes and remove small components in fasta
      translate | Translate CDS to proteins
           trim | Given a cross_match screened fasta, trim the sequence
      trimsplit | Split sequences at lower-cased letters
           uniq | Remove records that are the same

Ensuite, vous devez utiliser une seule action, vous pouvez simplement faire :

 python -m jcvi.formats.fasta extract

Cela vous indiquera les options et les arguments attendus.

N'hésitez pas à consulter les autres scripts du package, ce n'est pas uniquement pour FASTA.

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