Ce référentiel présente un flux de travail informatique pour calculer et caractériser tous les iModulons pour un organisme sélectionné. Cela se déroule en cinq étapes :
Les iModulons sont un groupe de gènes modulés indépendamment qui sont calculés via l'analyse en composantes indépendantes (ICA) d'un ensemble de données d'expression génique. Pour en savoir plus sur les iModulons ou explorer les iModulons publiés, visitez iModulonDB ou consultez nos publications sur Escherichia coli , Staphylococcus aureus ou Bacillus subtilis .
Ici, nous introduisons le concept de Modulome pour un organisme, qui est l'ensemble de tous les iModulons pouvant être calculés pour l'organisme sur la base de données de séquençage d'ARN accessibles au public. Le pipeline informatique fournit un flux de travail étape par étape pour calculer le module pour Bacillus subtilis .
Nous avons fourni des conteneurs Docker prédéfinis avec tous les logiciels nécessaires.
Pour commencer, installez Docker et Nextflow.
Vous pouvez également exécuter chaque programme localement, avec toutes les exigences répertoriées dans le fichier conda environment.yml . Pour l'étape 5 (iModulons caractérisés), installez également pymodulon.
Veuillez citer l'article suivant : iModulonMiner et PyModulon : Logiciel pour l'exploration non supervisée de recueils d'expression génique
