pbbam
Version 2.1.0
Depuis la version 3.0 de SMRTanalysis, PacBio adopte le format BAM standard de l'industrie pour les fichiers de données de base (alignés et non alignés). Nous avons également formulé un format de fichier compagnon BAM (bam.pbi) permettant un accès rapide à un ensemble plus riche d'informations par lecture ainsi qu'une compatibilité avec les logiciels construits autour de l'ancien format cmp.h5.
Le progiciel pbbam fournit des composants pour créer, interroger et modifier les fichiers PacBio BAM et les index associés. Ces composants incluent une bibliothèque C++ de base, des liaisons pour des langages supplémentaires et des utilitaires de ligne de commande.
Le dernier pbbam peut être installé via le package bioconda pbbam .
Veuillez vous référer à notre page officielle pbbioconda pour plus d'informations sur l'installation, l'assistance, la licence, les droits d'auteur et la clause de non-responsabilité.
Cette bibliothèque n'est pas destinée à être utilisée comme utilitaire BAM à usage général - tous les BAM d'entrée et de sortie doivent adhérer à la spécification du format PacBio BAM. Les BAM non PacBio entraîneront la levée d'exceptions.
Accueil des documents
Journal des modifications
pbbam valide tous les fichiers BAM et, dans le cadre de cette validation, il vérifie si les variables BindingKit et SequencingKit dans chaque ReadGroup du fichier BAM fourni sont connues. Dans le cadre des développements chimiques en cours, nous devrons peut-être introduire de nouveaux numéros de pièces pour identifier de nouveaux réactifs et/ou cellules SMRT. Il est peu probable que vous rencontriez de tels problèmes lors de l'utilisation de SMRT Link, car il dispose d'un programme de mise à jour automatique intégré qui vérifiera périodiquement et installera automatiquement de nouveaux produits chimiques. Tous les outils PacBio utilisés sans une installation appropriée de SMRT Link nécessiteront une intervention manuelle pour télécharger de nouveaux produits chimiques :
cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "
wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml Cela amènera pbbam à essayer de charger le chemistry.xml hors bande à partir de SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR et devrait vous permettre d'utiliser un logiciel un peu plus ancien avec des BAM un peu plus récents. Remarque : cela permet uniquement à la validation interne de pbbam de passer, cela ne fera pas automatiquement fonctionner d'autres logiciels dépendant de la chimie avec des chimies plus récentes. Par exemple, le backend d'Arrow (Unanimity) est également paramétré sur la chimie, et il échouera si une toute nouvelle chimie était introduite. Consultez la FAQ d'Unanimity pour savoir comment utiliser SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR pour charger des modèles pour de nouvelles chimies.
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