cellule2tcr

Cell2TCR est un outil d'inférence de motifs du récepteur des lymphocytes T (TCR). Un motif TCR décrit un groupe de TCR présentant une similarité de séquence suffisante pour reconnaître probablement un épitope commun.

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Voir un exemple d'utilisation dans cell2tcr.ipynb.

Installation

1. Créer un nouvel environnement conda

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. Installer Cell2TCR depuis Github

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. Facultatif : ajouter un noyau à utiliser dans les notebooks Jupyter

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

Le défi humain SARS-CoV-2 révèle la dynamique de réponse locale et systémique

Publié dans Nature le 19.06.2024

Rik GH Lindeboom*, Kaylee B. Worlock*, Lisa M. Dratva, Masahiro Yoshida, David Scobie, Helen R. Wagstaffe, Laura Richardson, Anna Wilbrey-Clark, Josephine L. Barnes, Lorenz Kretschmer, Krzysztof Polanski, Jessica Allen-Hyttinen , Puja Mehta, Dinithi Sumanaweera, Jacqueline M. Boccacino, Waradon Sungnak, Rasa Elmentaite, Ni Huang, Lira Mamanova, Rakesh Kapuge, Liam Bolt, Elena Prigmore, Ben Killingley, Mariya Kalinova, Maria Mayer, Alison Boyers, Alex Mann, Leo Swadling, Maximillian NJ Woodall, Samuel Ellis, Claire M. Smith, Vitor H. Teixeira, Sam M. Janes, Rachel C. Chambers, Muzlifah Haniffa, Andrew Catchpole, Robert Heyderman, Mahdad Noursadeghi, Benny Chain, Andreas Mayer, Kerstin B. Meyer, Christopher Chiu, Marko Z. Nikolić† et Sarah A. Teichmann†