AAV

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Dernière mise à jour : 05/03/2024

Clause de non-responsabilité

CE RÉFÉRENTIEL EST OBSOLÈTE ET NE SERA PLUS MAINTENU

Il s’agissait d’un référentiel personnel pour analyser les données de séquençage AAV à lecture longue de PacBio. Le code open source est désormais maintenu et développé sur le dépôt LAAVA de FormBio. Veuillez visiter LAAVA pour obtenir la dernière base de code ! Merci!

Pré-requis

• Python3.7
• R.

Bibliothèques Python requises :

• pysame

Forfaits R requis :

• ggplot2
• dplyr
• grille
• grilleExtra

Installation

Vous pouvez directement télécharger/cloner le dépôt pour utiliser directement les scripts.

 $ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git

Vous pouvez installer les dépendances vous-même ou utiliser l'une des options suivantes basées sur conda.

Option 1 : utilisez Conda et installez les prérequis individuellement

 conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra

Option 2 : utiliser Conda avec yml

Supposons qu'anaconda soit installé et que le binaire se trouve dans $HOME/anaCogentPy37/bin . Vous ajouteriez le binaire à $PATH et créeriez un nouvel environnement conda appelé AAV.env .

 $ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env

À ce stade, l'invite devrait devenir (AAV.env) $

Usage

Veuillez lire le tutoriel AAV