partis

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Partis est un cadre basé sur HMM pour l'annotation, la simulation, l'inférence de la famille clonale et de la lignée germinale des récepteurs des lymphocytes B et T, ainsi que la prédiction de l'affinité. Il est construit sur le compilateur ham HMM et l'ensemble ig-sw d'outils d'annotation Smith-Waterman. Partis est un logiciel libre sous GPL v3.

Les différents composants sont décrits dans les articles suivants. Puisqu'ils font des choses très différentes, il est préférable que vous puissiez citer le ou les articles spécifiques qui décrivent les composants que vous utilisez.

• Clustering jumelé Ralph, DK et Matsen IV, FA (2022). Inférence de familles clonales de cellules B à l’aide d’informations sur l’appariement des chaînes lourdes/légères. Biologie computationnelle PLoS, 18(11), e1010723.
• Paramètres de sélection Ralph, DK et Matsen IV, FA (2020). Utiliser les structures de la lignée des récepteurs des cellules B pour prédire l’affinité. Biologie computationnelle PLoS, 16(11), e1008391.
• Inférence germinale Ralph, DK et Matsen IV, FA (2019). Inférence germinale d'immunoglobulines par échantillon [...]. Biologie computationnelle PLoS, 15(7), e1007133.
• Inférence familiale clonale Ralph, DK et Matsen IV, FA (2016). Inférence basée sur la vraisemblance des familles clonales de cellules B. Biologie computationnelle PLoS, 12(10), e1005086.
• Cadre HMM et annotation BCR Ralph, DK et Matsen IV, FA (2016). La cohérence de [...] permet une annotation précise de la séquence des récepteurs des cellules B. Biologie computationnelle PLoS, 12(1), e1004409.

Le meilleur endroit pour commencer à lire le manuel est soit le démarrage rapide, soit la table des matières. Des détails sur les nombreuses options qui n'y sont pas documentées peuvent être trouvés en exécutant l'aide de chaque sous-commande, par exemple partis cache-parameters --help ou partis simulate --help .

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