RagTag

Étiquette de chiffon

RagTag est une collection d'outils logiciels permettant d'échafauder et d'améliorer les assemblages de génomes modernes. Les tâches comprennent :

• Correction des défauts d'assemblage basée sur l'homologie
• Échafaudage d’assemblage et correctifs basés sur l’homologie
• Fusion d'échafaudages

RagTag fournit également des utilitaires de ligne de commande pour travailler avec les formats de fichiers d'assemblage du génome courants.

Commencer

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

Documents

Veuillez consulter le Wiki pour une documentation détaillée.

Dépendances

• Minimap2, Unimap ou Nucmer
• Python 3 (avec les packages auto-installés suivants)
  • numpy
  • arbre d'intervalle
  • pysame
  • réseaux

Citation

• Alongé, Michael et al. "L'échafaudage d'assemblage automatisé élève un nouveau système de tomates pour l'édition du génome à haut débit." Biologie du génome (2022).
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag remplace RaGOO :

• Alongé, Michael et al. "RaGOO : échafaudage guidé par référence rapide et précis de projets de génomes." Biologie du génome 20.1 (2019) : 1-17.
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

Remerciements

La plupart des améliorations algorithmiques majeures par rapport à la première version de RaGOO ont été apportées par Aleksey Zimin, développeur principal de l'assembleur MaSuRCA. Luca Venturini a suggéré et initialement implémenté de nombreuses améliorations de fonctionnalités, telles que l'intégration de pysam. La "fusion" RagTag a été inspirée par CAMSA. Le développeur de CAMSA, Sergey Aganezov, a aidé à réviser le code RagTag pertinent. Le "patch" RagTag a été inspiré par Grafter, un outil d'échafaudage écrit par Melanie Kirsche. Mélanie a fourni des conseils pour la mise en œuvre de RagTag. Michael Schatz a fourni des conseils pour l'ensemble du projet.