meryl

Meryl

Il s'agit de « meryl », une réécriture presque totale de « meryl » qui est apparue à la fois dans le projet kmer et dans Celera Assembler.

IMPORTANT : Obtenez le dernier code meryl de ce dépôt. Ceci n'est pas compatible avec les anciennes bases de données Meryl construites à partir de Canu 1.8 ou version antérieure. Le nouveau Meryl est nettement plus rapide que la version précédente.

Les bases de données meryl ne sont plus au format de fichier .mcdat et .mcidx . Meryl db est désormais conçu comme un RÉPERTOIRE, contenant 64 binaires + 64 index (128 fichiers).

Dépendance

• gcc 10.2.0 ou supérieur

Installation

• Version finale : téléchargez une version stable

 # Exemple pour Linux-amd64wget https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH

• Astuce expérimentale (utilisez git 2.25.1 ou supérieur) :

 git clone https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src
make -j 24export PATH=/path/to/meryl/*/bin:$PATH

Évaluez les assemblages avec des k-mers et plus encore

Voir Merqury.

Citer Meryl

Nous ne voulions pas faire souffrir le monde avec encore un autre papier à compter k-mer, alors nous avons fourré Meryl dans les méthodes Merqury :

Rhie, A., Walenz, BP, Koren, S. et al. Merqury : évaluation sans référence de la qualité, de l'exhaustivité et de l'avancement des assemblages génomiques. Génome Biol 21, 245 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9