plier_slice
Il s'agit du code personnalisé de Yi Jiang pour la ptychographie aux rayons X/électrons et la tomographie/laminographie.
Le package est construit sur le code Matlab développé par Science IT et les groupes de diffusion cohérente des rayons X (CXS) de l'Institut Paul Scherrer, Suisse : https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software. Les questions de droits d'auteur et de licence doivent suivre les accords (voir ci-dessous) et/ou faire référence à leur site Web.
Commencer
Consultez la documentation officielle du package PtychoShelves pour connaître ses exigences. Vous avez besoin de la boîte à outils Matlab suivante pour utiliser toutes les fonctionnalités : calcul parallèle, ajustement de courbe, traitement d'image, optimisation et traitement du signal.
Pour la ptychographie, essayez les scripts de préparation et de reconstruction des données dans /fold_slice/ptycho/examples pour vous familiariser avec le format des données et les paramètres de reconstruction.
Ressources
- Un FoldsliceGPT personnalisé qui sert d’assistant d’IA en ptychographie aux rayons X et électronique. Il peut aider les utilisateurs dans diverses tâches telles que la conception d'expériences et la préparation de scripts de reconstruction.
- fold_slice peut être utilisé dans notre nouveau flux de travail basé sur LLM (PEAR). N'hésitez pas à me contacter si vous souhaitez devenir alpha testeur.
- Les fichiers dans /fold_slice/ptycho/notes/ pourraient vous aider à comprendre la structure globale du code. Attention : certaines notes peuvent être obsolètes.
- Le Dr Chia-Hao Lee a écrit un excellent blog qui détaille les algorithmes et la structure du code de PtychoShelves.
- Nous avons un groupe d'étude hebdomadaire pour discuter de nouvelles techniques d'imagerie informatique en microscopie électronique. Certaines conférences tutorielles peuvent être trouvées ici.
Différences majeures par rapport au package PtychoShelves
Certaines conventions d'E/S de données et de reconstruction ont été modifiées pour s'adapter à la ptychographie électronique. Voir les exemples de scripts pour plus de détails.
Un algorithme de ptychographie multi-tranches modifié aux moindres carrés et à maximum de vraisemblance est ajouté en tant que nouveau moteur : GPU_MS
Il est basé sur le moteur GPU (écrit par Michal Odstrcil) avec des améliorations telles que plusieurs modes de sonde et des corrections de bugs. L'utilisation du code doit inclure des citations supplémentaires :
Z. Chen, Y. Jiang, Y. Shao, ME Holtz, M. Odstrčil, M. Guizar-Sicairos, I. Hanke, S. Ganschow, DG Schlom, DA Muller, La ptychographie électronique atteint les limites de résolution atomique fixées par les vibrations du réseau . Sciences 372 (6544), 826-831.
Nous avons développé un workflow de réglage automatique des paramètres pour la ptychographie utilisant l'optimisation bayésienne avec des processus gaussiens : https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5. Voir les exemples de scripts pour plus de détails.
Une liste non exhaustive des nouveautés des moteurs GPU et GPU_MS :
| Caractéristiques | GPU | GPU_MS |
|---|
| Ptychographie états mixtes + multicoupes | ✖️ | ✔️ |
| Reconstruction multicoupe dynamique | ✖️ | ✔️ |
| Ptychographie avancée à balayage de trajectoire arbitraire | ✔️ | ✖️ |
| Reconstruction multi-scan | ✔️ | ✔️ |
| Régularisation TV en phase objet | ✔️ | ✔️ |
| Suppression des artefacts de grille | ✔️ | ✖️ |
| Sélection automatique des paramètres | ✔️ | ✔️ |
| Tenir compte du flou du détecteur avec un noyau gaussien | ✔️ | ✔️ |
Autres logiciels de ptychographie
Si vous ne possédez pas Matlab ou souhaitez explorer d'autres logiciels de ptychographie. Voici quelques référentiels publics :
Adorym : https://github.com/mdw771/adorym
Ptycho_gui : https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui
Ptychodus : https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus
PtychoNN : https://github.com/mcherukara/PtychoNN
Ptychopie : https://github.com/kyuepublic/ptychopy
Py4DSTEM : https://github.com/py4dstem/py4DSTEM
PyNX : http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/
Tike : https://github.com/tomography/tike
Contrat de licence académique
Code source
Introduction
Le présent contrat de licence définit les termes et conditions dans lesquels l'INSTITUT PAUL SCHERRER (PSI), CH-5232 Villigen-PSI, Suisse (ci-après « CONCÉDANT ») vous accordera (ci-après « TITULAIRE DE LICENCE ») une licence non exclusive et libre de droits. licence à des fins académiques et non commerciales uniquement (ci-après « LICENCE ») pour utiliser le logiciel informatique du package cSAXS ptychography MATLAB et la documentation associée fournie ci-dessous (ci-après "PROGRAMME").
Termes et Conditions de la LICENCE
- Le CONCÉDANT accorde au TITULAIRE DE LA LICENCE une licence non exclusive et libre de droits pour utiliser le PROGRAMME à des fins académiques et non commerciales, selon les termes et conditions énoncés ci-après et jusqu'à la résiliation de cette licence comme indiqué ci-dessous.
- Le TITULAIRE DE LICENCE reconnaît que le PROGRAMME est un outil de recherche encore en phase de développement. Le PROGRAMME est fourni sans aucun service, amélioration ou garantie connexe de la part du CONCÉDANT de LICENCE et que la LICENCE est conclue afin de permettre à d'autres d'utiliser le PROGRAMME dans leurs activités académiques. Il appartient au TITULAIRE de s'assurer de sa bonne utilisation et de l'exactitude des résultats.
- LE PROGRAMME EST FOURNI « TEL QUEL », SANS GARANTIE D'AUCUNE SORTE, EXPRESSE OU IMPLICITE, Y COMPRIS MAIS SANS LIMITATION LES GARANTIES DE QUALITÉ MARCHANDE, D'ADAPTATION À UN USAGE PARTICULIER ET DE NON-VIOLATION DE TOUT BREVET, DROIT D'AUTEUR, MARQUE COMMERCIALE OU AUTRES DROITS. EN AUCUN CAS LE CONCÉDANT DE LICENCE, LES AUTEURS OU LES TITULAIRES DES DROITS D'AUTEUR NE SERONT RESPONSABLES DE TOUTE RÉCLAMATION, DOMMAGES DIRECTS, INDIRECTS OU CONSÉCUTIFS OU AUTRE RESPONSABILITÉ DÉCOULANT DE, HORS OU EN RELATION AVEC LE PROGRAMME OU L'UTILISATION DU PROGRAMME OU D'AUTRES ACTIVITÉS DANS LE PROGRAMME.
- Le TITULAIRE DE LA LICENCE accepte d'utiliser le PROGRAMME et toutes modifications, améliorations ou dérivés du PROGRAMME que le TITULAIRE DE LA LICENCE peut créer (collectivement, les « AMÉLIORATIONS ») uniquement à des fins académiques et non commerciales et que toute copie du PROGRAMME ou de ses dérivés sera distribuée uniquement. sous la même licence que PROGRAM. Les termes « académique, non commercial », tels qu'utilisés dans le présent accord, désignent des recherches universitaires ou autres recherches universitaires qui (a) ne sont pas entreprises dans un but lucratif, ou (b) ne sont pas destinées à produire des œuvres, des services ou des données à des fins commerciales. , ou (c) n'est ni mené, ni financé, par une personne ou une entité engagée dans l'utilisation, l'application ou l'exploitation commerciale d'œuvres similaires au PROGRAMME.
- Le LICENCIE s'engage à faire la reconnaissance suivante dans toute publication résultant de l'utilisation du PROGRAMME ou de toute traduction du code dans un autre langage informatique : « Le traitement des données a été effectué à l'aide du package MATLAB de ptychographie cSAXS développé par Science IT et la suite cohérente. Groupes de diffusion des rayons X (CXS), Institut Paul Scherrer, Suisse."
De plus, toute publication utilisant le package, ou toute traduction du code dans un autre langage informatique doit citer
(pour PtychoShelves) K. Wakonig, H.-C. Stadler, M. Odstrčil, EHR Tsai, A. Diaz, M. Holler, I. Usov, J. Raabe, A. Menzel, M. Guizar-Sicairos, PtychoShelves, un cadre polyvalent de haut niveau pour l'analyse haute performance des données ptychographiques. données, J. Appl. Cristal. 53(2) (2020). (est ce que je : 10.1107/S1600576720001776)
(pour la carte des différences) P. Thibault, M. Dierolf, A. Menzel, O. Bunk, C. David, F. Pfeiffer, Microscopie à diffraction des rayons X à balayage haute résolution, Science 321, 379-382 (2008). (est ce que je : 10.1126/science.1158573).
(pour le maximum de vraisemblance) P. Thibault et M. Guizar-Sicairos, Affinement du maximum de vraisemblance pour l'imagerie diffractive cohérente, New J. Phys. 14, 063004 (2012). (est ce que je : 10.1088/1367-2630/14/6/063004).
(pour les modes cohérents mixtes) P. Thibault et A. Menzel, Reconstruire des mélanges d'états à partir de mesures de diffraction, Nature 494, 68-71 (2013). (est ce que je : 10.1038/nature11806).
(et/ou pour multicoupes) EHR Tsai, I. Usov, A. Diaz, A. Menzel et M. Guizar-Sicairos, Ptychographie aux rayons X avec profondeur de champ étendue, Opt. Express 24, 29089-29108 (2016). (est ce que je : 10.1364/OE.24.029089).
- À l'exception de la reconnaissance mentionnée ci-dessus, le TITULAIRE DE LA LICENCE ne doit pas utiliser le titre du PROGRAMME ou les noms ou logos du CONCÉDANT, ni toute adaptation de ceux-ci, ni les noms de l'un de ses employés ou laboratoires, dans tout matériel publicitaire, promotionnel ou commercial sans autorisation écrite préalable. consentement obtenu du CONCÉDANT dans chaque cas.
- La propriété de tous les droits, y compris les droits d'auteur sur le PROGRAMME et sur tout matériel associé à celui-ci, restera à tout moment la propriété du CONCÉDANT DE LICENCE, et le TITULAIRE DE LICENCE s'engage à les préserver. Le TITULAIRE DE LA LICENCE s'engage à ne pas utiliser aucune partie du PROGRAMME ou de toute AMÉLIORATION sous une forme lisible par machine en dehors du PROGRAMME, ni à faire de copies, sauf pour son usage interne, sans le consentement écrit préalable du CONCÉDANT DE LICENCE. Le TITULAIRE DE LA LICENCE s'engage à placer l'avis de droit d'auteur suivant sur ces copies : @ Tous droits réservés. INSTITUT PAUL SCHERRER, Suisse, Laboratoire de Macromolécules et Bioimagerie, 2017.
- La LICENCE ne doit pas être interprétée comme conférant des droits au TITULAIRE DE LA LICENCE, implicitement ou autrement, sauf dans les cas spécifiquement énoncés dans les présentes.
- AVIS DE NON-RESPONSABILITÉ : Le TITULAIRE DE LA LICENCE doit être conscient que Phase Focus Limited de Sheffield, Royaume-Uni, possède un portefeuille international de brevets et de demandes en cours liés à la ptychographie et que le PROGRAMME peut être utilisé dans des circonstances qui peuvent relever des revendications d'un ou plusieurs des les brevets Phase Focus, notamment le brevet portant le numéro de demande internationale PCT/GB2005/001464. Le CONCÉDANT déclare explicitement ne pas indemniser les utilisateurs du logiciel dans le cas où Phase Focus ou tout autre tiers ouvrirait une action en justice contre le LICENCIÉ en raison de l'utilisation du programme.
- Le présent Contrat sera régi par les lois matérielles de la Suisse et tout litige découlant du présent Contrat ou de l'utilisation du PROGRAMME sera porté devant les tribunaux de Zurich, en Suisse.
