seurat wrappers

SeuratWrappers

SeuratWrappers est une collection de méthodes et d'extensions fournies par la communauté pour Seurat, organisée par le Satija Lab du NYGC. Ces méthodes comprennent des fonctionnalités actuellement introuvables dans Seurat et peuvent être mises à jour beaucoup plus fréquemment.

Veuillez consulter notre guide de contribution pour obtenir de l'aide et des directives sur le développement et l'ajout de nouvelles méthodes à SeuratWrappers.

Des vignettes de méthodes individuelles peuvent être trouvées dans le répertoire docs/ , nous vous recommandons de consulter les fichiers de démarque standard ( *.md ) lors de la visualisation sur GitHub.

L'installation peut être effectuée via des télécommandes

 remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )

Liste des méthodes

Emballer	Vignette	Référence	Source
Monocle 3	Calculer des trajectoires avec Monocle 3 et Seurat	Cao et al, Nature 2019	https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3
scVélo	Estimation de la vitesse de l'ARN à l'aide de Seurat et scVelo	Bergen et coll., bioRxiv 2019	https://scvelo.readthedocs.io
CoGAPS	Exécuter CoGAPS sur des objets Seurat	Stein-O'Brien et al, Cell Systems 2019	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html
glmpca	Exécution de GLM-PCA sur un objet Seurat	Townes et al, Biologie du génome 2019	https://github.com/willtownes/glmpca
Conos	Intégration de jeux de données à l'aide de Conos	Barkas et al, Méthodes naturelles 2019	https://github.com/hms-dbmi/conos
LIGER	Intégration d'objets Seurat avec LIGER	Welch et al, Cellule 2019	https://github.com/MacoskoLab/liger
rapideMNN	Exécuter fastMNN sur des objets Seurat	Nature Biotechnologie 2018	https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html
Harmonie	Intégration de jeux de données à l'aide d'Harmony	Korsunsky et al, bioRxiv 2018	https://github.com/immunogenomics/harmony
ALRA	Imputation sans préservation avec ALRA	Linderman et coll., bioRxiv 2018	https://github.com/KlugerLab/ALRA
Vitesse	Estimation de la vitesse de l'ARN à l'aide de Seurat	La Manno et al, Nature 2018	https://velocyto.org
schéma	Utiliser Schex avec Seurat	Freytag, pack R 2019	https://github.com/SaskiaFreytag/schex
alevine	Importer les décomptes d’alevins dans Seurat	Srivastava et. al., Biologie du génome 2019	https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools
Nébuleuse	Visualisation de l'expression des gènes avec Nebulosa	Jose Alquicira-Hernandez et Joseph E. Powell, en cours de révision	https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa
CIPR	Utilisation de CIPR avec des données PBMC humaines	Ekiz et. al., BMC Bioinformatique 2020	https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package
miQC	Exécuter miQC sur des objets Seurat	Hippen et. al., bioRxiv 2021	https://github.com/greenelab/miQC
tricycle	Exécution d'estimate_cycle_position à partir d'un tricycle sur des objets Seurat	Zheng et. al., bioRxiv 2021	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html