emmaa

EMMAA

EMMAA est un écosystème de modèles gérés par machine avec analyse automatisée. La principale façon dont les utilisateurs peuvent interagir avec EMMAA est d'utiliser le tableau de bord EMMAA, accessible ici.

Documentation

Pour une documentation détaillée d'EMMA, visitez http://emmaa.readthedocs.io. La documentation contient trois sections principales :

• Une description conceptuelle de l’architecture et de l’approche EMMAA
• Une introduction au tableau de bord EMMAA
• Une documentation au niveau du module de toute la base de code d'EMMAA liée directement au code source sur Github

Concept

L'idée principale derrière EMMAA est de créer un ensemble de modèles informatiques tenus à jour grâce à la lecture automatique automatique, à l'assemblage de connaissances et à la génération de modèles. Chaque modèle commence par un réseau préalable de concepts pertinents connectés via un ensemble de mécanismes connus. Cet ensemble de mécanismes est ensuite étendu en lisant chaque jour de la littérature ou d'autres sources d'informations, en déterminant comment les nouvelles informations sont liées au modèle existant, puis en mettant à jour le modèle avec les nouvelles informations.

Des modèles sont également disponibles pour une analyse automatisée dans laquelle les requêtes pertinentes entrant dans la portée de chaque modèle peuvent être automatiquement mappées aux procédures d'analyse structurelle et dynamique du modèle. Cela permet de reconnaître et de signaler les modifications apportées au modèle qui entraînent des changements significatifs dans les résultats de l'analyse.

Applications

Le principal domaine d'application d'EMMAA est la biologie moléculaire du cancer, cependant, il peut être appliqué à d'autres domaines que le système INDRA et les systèmes de lecture intégrés à INDRA peuvent gérer.

Installation

Les utilisateurs interagissent principalement avec EMMAA via le Dashboard, pour lequel aucune dépendance ne doit être installée.

Pour configurer localement l'accès par programmation aux fonctionnalités d'EMMAA, procédez comme suit :

 git clone https://github.com/indralab/emmaa.git
cd emmaa
pip install git+https://github.com/sorgerlab/indra.git
pip install git+https://github.com/indralab/indra_db.git
pip install -e .

Une version Dockerisée d'EMMAA est disponible sur https://hub.docker.com/r/labsyspharm/emmaa, qui peut être obtenue sous

 docker pull labsyspharm/emmaa

Financement

Le développement d'EMMAA est financé dans le cadre du programme DARPA Automating Scientific Knowledge Extraction (ASKE) sous l'attribution HR00111990009.