iCount

iCount : analyse des interactions protéine-ARN

iCount est un module Python et une interface de ligne de commande (CLI) associée, qui fournit toutes les commandes nécessaires pour traiter les données iCLIP sur les interactions protéine-ARN et générer :

• fichiers FASTQ démultiplexés et découpés par adaptateur,

• Fichiers BAM avec lectures iCLIP mappées,

• sites réticulés protéine-ARN identifiés, enregistrés dans des fichiers BED,

• pics composés de sites réticulés statistiquement significatifs, enregistrés dans des fichiers BED,

• des clusters de sites réticulés significatifs, enregistrés dans des fichiers BED,

• regroupement d'expériences individuelles répétées,

• Génération de RNAmap montrant la distribution positionnelle des sites réticulés par rapport aux repères génomiques,

• analyse d'enrichissement kmer,

• et autre.

Vous pouvez commencer par le didacticiel ou plonger dans la documentation.

Auteurs

iCount est développé et soutenu par Tomaž Curk du laboratoire de bioinformatique de l'université de Ljubljana, faculté d'informatique et des sciences de l'information et en collaboration avec le laboratoire de Jernej Ule.

Le développement a commencé fin 2008 lorsque Tomaž Curk et Gregor Rot ont écrit un premier prototype d'iCount. Beaucoup de choses se sont passées depuis. Pour plus de détails et des remerciements complets, consultez la section comment citer dans la documentation.

Contribuer

Les contributions (pull request) sont les bienvenues ! Veuillez soumettre vos contributions en suivant les directives.

Problèmes de signalement

Utilisez la page des problèmes pour signaler des problèmes et demander des améliorations. Avant de soumettre, veuillez vérifier la liste des problèmes déjà signalés. Consultez également la FAQ pour voir si le problème a déjà été résolu.