igv.js
3.0.8
igv.js est un composant interactif intégrable de visualisation du génome développé par l'équipe Integrative Genomics Viewer (IGV).
James T Robinson, Helga Thorvaldsdottir, Douglass Turner, Jill P Mesirov, igv.js : une implémentation JavaScript intégrable de l'Integrative Genomics Viewer (IGV), Bioinformatics, Volume 39, Numéro 1, janvier 2023, btac830, https://doi. org/10.1093/bioinformatique/btac830
Vous trouverez ci-dessous des exemples et un guide de démarrage rapide. Consultez la documentation du développeur pour plus de documentation.
Alignements
Interactions
Numéro de copie
Plusieurs régions
Format d'annotation de mutation (MAF)
Options de couleurs variées
Plus
igv.js se compose d'un seul fichier javascript sans dépendances externes.
Les fichiers prédéfinis pour les scripts incluent, les systèmes de modules AMD ou CJS (igv.min.js) et un module ES6 (igv.esm.min.js) peuvent être téléchargés à partir de https://cdn.jsdelivr.net/npm/ [email protected]/dist/.
Pour importer igv en tant que module ES6
importer igv depuis "https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js"
Ou sous forme de script include (définit le global "igv")
Alternativement, vous pouvez installer avec npm
npm install igv
et recherchez le fichier approprié pour votre système de modules (igv.min.js ou igv.esm.min.js) dans node_modules/igv/dist.
Pour créer un navigateur igv.js, fournissez un conteneur div et une configuration initiale définissant le génome de référence, les pistes initiales et tout autre état à la fonction igv.createBrowser(div, config) .
Cette fonction renvoie une promesse pour un objet igv.Browser qui peut être utilisé pour contrôler le navigateur. Par exemple, pour ouvrir un navigateur sur une seule piste d'alignement ouverte à un emplacement spécifique :
var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
var options =
{
genome: "hg38",
locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
tracks: [
{
"name": "HG00103",
"url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
"format": "cram"
}
]
};
igv.createBrowser(igvDiv, options)
.then(function (browser) {
console.log("Created IGV browser");
})La documentation complète de l'API igv.js est disponible sur https://igv.org/doc/igvjs/.
La construction d'igv.js et l'exécution des exemples nécessitent Linux ou MacOS. D'autres environnements Unix fonctionneront probablement mais n'ont pas été testés.
Les utilisateurs Windows peuvent utiliser le sous-système Windows pour Linux.
Construire igv.js et exécuter les exemples nécessite node.js.
git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git cd igv.js npm install npm run build
Cela crée un dossier dist avec les fichiers suivants
igv.js - Fichier UMDS pour les modules d'inclusion de script, AMD ou CJS. Un script include définira un global "igv".
igv.min.js - version minifiée de igv.js
igv.esm.js -- module ES6
igv.esm.min.js -- version minifiée de igv.esm.js
Pour exécuter les tests depuis la ligne de commande
npm run test
Pour exécuter les exemples, installez le serveur http.
Démarrez le serveur http à partir du répertoire racine du projet
serveur http npx
Ensuite, ouvrez http://localhost:8080/examples dans un navigateur Web.
igv.js nécessite un navigateur Web moderne prenant en charge Javascript ECMAScript 2015 (ES6).
igv.js est sous licence MIT.
