Bienvenue dans le monde Genovo. Nous sommes l'équipe Shenzhen_BGIC_0101_2013. Veuillez accéder à la page du projet pour une meilleure vue. :)
Le module Neochr aiderait les utilisateurs à saisir manuellement les gènes associés dans différentes voies, à recâbler logiquement* la relation des gènes et à remplacer les gènes par des orthologues ayant un score plus élevé*.
NucleoMod est un module permettant de modifier la séquence CDS de gènes générés par le module Neochr. Ce module contient 5 plugins : conception CRISPR, effacement du site enzymatique, création d'un site enzymatique, optimisation des codons, répétition smash. Tous ces plugins permettent à l'utilisateur de modifier ou d'optimiser le gène. Après l'opération NucleoMod, l'étape suivante est SegmMan pour concevoir une méthode de synthèse en fonction de la longueur du chromosome.
Le synthétiseur ou la puce de synthèse peut atteindre une séquence d'ADN de 3 Ko avec une grande précision, mais le chromosome n'est pas si court. SegmMan peut résoudre ce problème, il divise le chromosome en fragments de 30 000, après avoir analysé ses sites enzymatiques sortis, continue la segmentation en fragments de 10 000 et 2 000. Aux niveaux 10k et 2k, il ajoutera une région homologue du vecteur et concevra des sites enzymatiques.
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Nos logiciels sont entièrement basés sur JBrowse qui est la nouvelle génération de GBrowse. Si vous avez installé JBrowse, tirez simplement git et utilisez-le.
Pour installer JBrowse, consultez le wiki principal de JBrowse à l'adresse http://gmod.org/wiki/JBrowse.
Pour une brève description :
(/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)Chrome, Firefox, and IE10 is recommandVous devez modifier l'autorisation Apache en modifiant /etc/apache2/envvars
export APACHE_RUN_USER=`whoami`
export APACHE_RUN_GROUP=`whoami`
Et
sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json
Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin
Copiez plugins/, serveur/ dans Jbrowse.
NucleoMod dépend de Blast+, donc si vous utilisez un système basé sur Debian :
apt-get install ncbi-blast+
Ou vous pouvez installer depuis :
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
Téléchargez et installez UNAFoldt et Biopython à partir de :
- UnaFold http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php
git is needed
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./data/
|-NeoChr_5_add # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
|---01.whole2mega # SegmMan plugin data
|---02.globalREmarkup # SegmMan plugin data
|---03.mega2chunk2mini # SegmMan plugin data
|---chip_data # chip design
|---names # prefix for search
|---seq # crc32 encode refsequence name path
|-----d7f
|-------417
|---------f1
|---tracks # track display in browser
|-----gene # track cluster
|-------NeoChr # Genome Name
|-----part
|-------NeoChr
|-----Transcript
|-------NeoChr
./server/
|-bin
|---chip_new # create new chip data
|-----ols-pool-generation-script
|-------output-oligos-and-primers
|---GetPrice # fetch enzyme price
|---segmentation # SegmMod plugin
|-config # plugins config data
|---features
|---geneset
|---globalREmarkup
|---markers
|---Optimize
|-doc # document about plugins
|-lib # library used
|-pathway # pathway data used
|-REST # end-side REST implement
|-------chip
|-------features
|-------modify
|-------Segmentation
|-------stats
|---config
|-rewire
base_url = server/REST/index.php
# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end
POST base_url/features/delete
# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)
# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav
# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&
# add loxp, centremele, ARS and so on
POST /modify/Add
# SegmMod plugin
POST /Segmentation/globalREmarkup
/Segmentation/mega2chunk2mini
/Segmentation/whole2mega
GET /Segmentation/info
# Nucleo plugin
POST /NucleoMod
# chip plugin
POST /chip/chip
GET /stats/config
# for get downloadable data information
GET /data/info
De plus, notre implémentation côté serveur est flexible. L'utilisateur peut configurer les données côté serveur pour la consommation d'énergie.
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##Médaille de bronze
Remarque : Notre logiciel géant vise à faire fonctionner des Biobricks au niveau des appareils basés sur des fragments d'ADN synthétisés. Mais au niveau des biobricks, le deuxième module peut également aider les utilisateurs à concevoir des gènes, tels que la suppression de EcorI, XbaI, SpeI, PstI, Not I dans le CDS, l'optimisation des codons et la répétition du smash.
Comme notre projet est si vaste et considérablement extensible, au moins 5 idées ne peuvent pas être réalisées en raison du manque de temps.
Pour le troisième module SegmMan, nous avons une méthode complémentaire de conception et de synthèse OLS chip synthese(link), afin que Genovo soit compatible à la fois pour le synthétiseur et la puce.
Tutoriel textuel
Nous avons l'équipe logicielle Shenzhen_BGIC_ATCG pour utiliser le deuxième module pour concevoir leurs gènes.
Le projet SC2.0 teste également le module SegmMan sur la segmentation de chrVII.
2 .A Décrivez et détaillez comment votre logiciel affecte les pratiques humaines en biologie synthétique.
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Innovation:
Publicité:
Nous avons essayé de vendre les maillots de notre équipe à des gens de BGI.
2 .B Utilisez SBOL dans la documentation de votre logiciel.
Nous utilisons SBOL comme l'un des résultats du premier module pour décrire les gènes dans la nouvelle voie créée.
Conception de pièces ou de dispositifs BioBrick :
Construction de pièces ou dispositifs BioBrick :
