SKAT
SKAT est un test au niveau d'un ensemble de SNP (par exemple, un gène ou une région) pour l'association entre un ensemble de variantes rares (ou courantes) et des phénotypes dichotomiques (cas-témoins) ou quantitatifs utilisant des méthodes de machine à noyau pour les données de GWAS et du génome. études d'association de séquençage à grande échelle. SKAT regroupe les statistiques de test de score individuel des SNP dans un ensemble de SNP et calcule efficacement les valeurs p au niveau de l'ensemble SNP, par exemple une valeur p au niveau d'un gène ou d'une région, tout en ajustant les covariables, telles que les composantes principales, pour tenir compte de la stratification de la population. SKAT permet également des calculs de puissance/taille d'échantillon pour la conception d'études d'association de séquences.
Disponibilité
SKAT est disponible sur CRAN. Veuillez consulter la page du projet pour plus d'informations.
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Références
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