RCSB Saguaro 1D Feature Viewer est une bibliothèque TypeScript open source utilisée pour afficher des annotations de protéines et de séquences génomiques sur le Web. Le projet est développé et maintenu au RCSB PDB et il est actuellement utilisé pour afficher les caractéristiques des protéines sur son site Web. Le package propose plusieurs types d’affichages de données et un riche ensemble d’options pour personnaliser la visualisation des fonctionnalités.
Lorsque vous utilisez rcsb-saguaro, veuillez citer :
Joan Segura, Yana Rose, John Westbrook, Stephen K Burley, José M Duarte. Outils et services 1D de la banque de données sur les protéines RCSB, bioinformatique, 2020 ; https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1012
npm install @rcsb/rcsb-saguaro
Différents exemples de tests sont disponibles dans le dossier src/examples
git clone [email protected]:rcsb/rcsb-saguaro.gitcd rcsb-saguaronpm installnpm run devServerAllez à :
http://localhost:9000/MultipleTracks.htmlhttp://localhost:9000/MultipleAlignment.html
La documentation complète des classes TypeScript peut être trouvée ici.
Ce sont les éléments les plus importants si vous souhaitez uniquement utiliser RCSB Saguaro pour visualiser les annotations de protéines.
La configuration de l'objet du tableau de visualisation des fonctionnalités principales définit la plage de coordonnées, la largeur de la piste et du titre ainsi que l'affichage des axes. L'ensemble complet des attributs est défini dans l'interface RcsbFvBoardConfigInterface.
Les propriétés de configuration de la carte principale sont :
const boardConfig = {
range : {
min : 20 ,
max : 110
} ,
trackWidth : 940 ,
rowTitleWidth : 260 ,
includeAxis : true
} ; L'objet de configuration de ligne définit le format et le contenu des lignes de la visionneuse de fonctionnalités. L'ensemble complet des attributs de configuration des lignes de la carte est défini dans RcsbFvRowConfigInterface.
Les propriétés de configuration de la ligne principale sont :
const sequence = "MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQ" +
"EEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHQYREQIKRVKDSDDVPMVLVGNKCDLAA" +
"RTVESRQAQDLARSYGIPYIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIRQHKLRKLNPPDESGPGCMS" const sequenceTrack = {
trackHeight : 20 ,
trackColor : "#F9F9F9" ,
displayType : "sequence" ,
rowTitle : "SEQUENCE" ,
trackData : [ {
begin : 1 ,
label : sequence
} ]
} const blockTrack = {
trackId : "blockTrack" ,
trackHeight : 20 ,
trackColor : "#F9F9F9" ,
displayType : "block" ,
displayColor : "#FF0000" ,
rowTitle : "BLOCK" ,
trackData : [ {
begin : 30 ,
end : 60 ,
gaps : [ {
begin : 40 ,
end : 50
} ]
} , {
begin : 80 ,
end : 90 ,
openEnd : true
} ]
} const pfv = new RcsbFv . Create ( {
boardConfigData : boardConfig ,
rowConfigData : [ sequenceTrack , blockTrack ] ,
elementId : "htmlElementId"
} ) ;Voir cet exemple développé en ligne ici
La collection complète d'exemples peut être éditée et modifiée sur CODEPEN
Nous fournissons également une bibliothèque (rcsb-saguaro-app) pour créer des vues préconfigurées des fonctionnalités de protéines 1D des annotations RCSB PDB et UniProtKB.
Toutes les contributions sont les bienvenues. Veuillez faire une pull request ou ouvrir un problème.
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