xyz2mol

xyz2mol a maintenant été implémenté dans RDKit

 raw_mol = Chem.MolFromXYZFile('acetate.xyz')
mol = Chem.Mol(raw_mol)
rdDetermineBonds.DetermineBonds(mol,charge=-1)

Convertir les coordonnées cartésiennes en un ou plusieurs graphiques moléculaires

A partir de coordonnées cartésiennes sous la forme d'un fichier .xyz , le code construit une liste d'un ou plusieurs graphiques moléculaires. Dans les cas où il existe plusieurs formes de résonance possibles, xyz2mol renvoie une liste de toutes, sinon une seule.

Ce code est basé sur les travaux de DOI : 10.1002/bkcs.10334

 Yeonjoon Kim and Woo Youn Kim
"Universal Structure Conversion Method for Organic Molecules:
From Atomic Connectivity to Three-Dimensional Geometry"
Bull. Korean Chem. Soc.
2015, Vol. 36, 1769-1777

Installation

Dépend de rdkit , numpy et networkx . Le plus simple à configurer via anaconda/conda :

conda install -c conda-forge xyz2mol

La configuration pour un environnement autonome est disponible via Makefile . Pour configurer et tester, clonez simplement le projet et créez-le.

 git clone https://github.com/jensengroup/xyz2mol

puis exécutez ce qui suit dans le dossier xyz2mol

 make
make test

Notez qu'il est également possible d'exécuter le code sans les dépendances networkx , mais c'est plus lent.

Exemple d'utilisation

Lisez le fichier xyz et imprimez les SMILES, mais n'encodez pas la chiralité.

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz --ignore-chiral

Lisez le fichier xyz et imprimez le format SDF, enregistrez-le dans un fichier

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz -o sdf > save_file.sdf

Lire dans un fichier xyz payant et imprimer les SMILES

 xyz2mol.py examples/acetate.xyz --charge -1

Dépendances :

 rdkit # (version 2019.9.1 or later needed for huckel option)
networkx