biochatter
v0.7.9
| Licence | Python | ||
| Emballer | Statut de construction | ||
| Essais | Docker | ||
| Développement | Cotisations |
Les modèles d’IA générative se sont révélés extrêmement utiles pour accroître l’accessibilité et l’automatisation d’un large éventail de tâches. Pourtant, leur application au domaine biomédical est encore limitée, en partie à cause de l’absence d’un cadre commun pour déployer, tester et évaluer les divers modèles et technologies auxiliaires nécessaires. Ce référentiel contient le package biochatter Python, une bibliothèque backend générique pour la connexion d'applications biomédicales à l'IA conversationnelle.
La bibliothèque est décrite dans cette prépublication et utilisée dans diverses applications de démonstration pour présenter son utilisation :
une simple interface basée sur Python appelée BioChatter Light, que nous développons sur https://github.com/biocypher/biochatter-light ;
une interface avancée basée sur Next.js appelée BioChatter Next, que nous développons sur https://github.com/biocypher/biochatter-next ;
un serveur API RESTful à utiliser par le frontend Next (et toute autre application basée sur REST) sur https://github.com/biocypher/biochatter-server.
BioChatter fait partie de l'écosystème BioCypher, se connectant nativement aux graphiques de connaissances BioCypher. L'article BioChatter est en cours de rédaction ici.
Pour utiliser le package, installez-le depuis PyPI, par exemple en utilisant pip ( pip install biochatter ) ou Poetry ( poetry add biochatter ).
Le package contient des dépendances facultatives qui peuvent être installées à l'aide des extras suivants (par exemple pip install biochatter[xinference] ) :
xinference : prise en charge de l'interrogation de LLM open source via Xorbits Inference
podcast : prise en charge de la synthèse vocale des podcasts (pour le Google TTS gratuit ; le OpenAI TTS payant peut être utilisé sans cet extra)
streamlit : prise en charge des fonctions streamlit UI (utilisées dans BioChatter Light)
Consultez la documentation pour obtenir des exemples, des cas d'utilisation et plus d'informations. De nombreuses fonctionnalités courantes couvertes par BioChatter peuvent être utilisées dans la base de code BioChatter Light.
Nous sommes très heureux des contributions de la communauté, grandes et petites ! Si vous souhaitez contribuer au développement de BioCypher, veuillez vous référer à nos directives de contribution et à la documentation du développeur. :)
Si vous souhaitez poser des questions informelles, parler de développement ou simplement discuter, rejoignez notre communauté sur https://biocypher.zulipchat.com !
Avis de non-responsabilité concernant le syndrome de l'imposteur : nous avons besoin de votre aide. Non, vraiment. Il y a peut-être une petite voix dans votre tête qui vous dit que vous n'êtes pas prêt, que vous n'êtes pas assez compétent pour contribuer. On vous assure que la petite voix dans votre tête est fausse. Plus important encore, il existe de nombreuses façons précieuses de contribuer en plus de l’écriture de code.
Cet avertissement a été adapté du projet Pooch.
Consultez ce référentiel pour plus d'informations sur l'utilisation de la biologie computationnelle par de grands modèles de langage.
Si vous utilisez Apple Silicon, vous pouvez rencontrer des problèmes avec la dépendance grpcio (bibliothèque grpc , utilisée dans pymilvus ). Si tel est le cas, essayez d'installer le binaire à partir des sources après avoir supprimé le package installé de l'environnement virtuel à partir d'ici :
pip uninstall grpcio
export GRPC_PYTHON_LDFLAGS= " -framework CoreFoundation "
pip install grpcio==1.53.0 --no-binary :all:
